包膜胍基乙酸在动物体内的代谢过程如下：
释放与吸收：包膜胍基乙酸通过饲料进入动物体内，其包膜在肠道特定环境下（如反刍动物肠道的碱性环境）崩解，释放出胍基乙酸。胍基乙酸被肠道上皮细胞吸收，进入血液循环。
运输与分布：进入血液后，胍基乙酸会随着血液循环被运输到全身各个组织和器官，尤其在能量需求高、波动大的组织，如骨骼肌、心脏、脑、视网膜、精子等组织中分布较多。
转化与代谢：胍基乙酸在肝脏中被转化为肌酸。肌酸被转运到上述组织后，在肌酸激酶的作用下被磷酸化为磷酸肌酸。磷酸肌酸和肌酸一起构成磷酸原系统，参与细胞内能量转运。当细胞处于静息状态时，ATP 浓度较高，反应向合成磷酸肌酸的方向进行，将能量储存起来；当细胞处于活动状态时，ATP 浓度迅速下降，反应转向合成 ATP 的方向，由磷酸肌酸分解释放能量，生成 ATP，为细胞活动供能。
排泄：部分肌酸和磷酸肌酸会在肌肉等组织中进一步代谢，最终以肌酸酐的形式通过尿液排出体外6。还有少量可能通过汗液等其他途径排出。