他是清朝末年众人皆醉我独醒的满清大臣，他对汉人大臣礼贤下士，曾国藩、胡林翼等自己组建团练，进而编练出一支新兴的私人武装，自筹军晌养活十多万军队，故“常心折曾文正公之识量、胡文忠公之才略”
整治科场舞弊案
咸丰八年（1858年），文渊阁大学士柏葰主持顺天乡试。十月初七，御史孟传金举报乡试舞弊，旗人平龄毫无才学却高中第七。咸丰帝命怡亲王载垣、郑亲王端华会审。调查发现问题试卷众多，咸丰帝震怒，革职柏葰等人。
他查出同考官浦安与新考中主事罗鸿绎“交通关节”。罗鸿绎供出为中榜向兵部侍郎李鹤龄疏通，李求浦安关照，浦又通过柏葰门丁靳祥运作。事成后，浦安给柏葰送贽敬银十六两，李鹤龄向罗鸿绎索银五百两，三百两转交浦安 。
此案因发生在戊午年，称“戊午科场案”，是清朝三大科场舞弊案之一。在他力主下，柏葰、李鹤龄、罗鸿绎等人被处斩。历时十月，共惩处91名官员，吏治为之一振。此后，担任户部尚书时，又用两年彻查“户部宝钞案”。
严惩贪污腐败
咸丰即位初年，因太平天国起义，户部库房匮乏，于是清廷决定由户部设立宝钞处和官钱总局发行大量钞票。滥发官钞非但没有纾解财政，反倒致使通货膨胀、物价飞腾，而官商乘机勾结，“侵占挪用”，“拒收买抵”，从中牟取暴利，将币制改革失败的恶果转嫁于百姓头上，当时“五城内外兵民不下数百万户，各粮行抬价居奇，小民每日所得钱文，竟不能供一日之饱”。
咸丰八年（1858年）底，改任户部尚书，决心整顿财政积弊。从调查五宇官号账目入手，刨根究底，涉案人员几百人，抄没户部司员、商户及满族宗室数十家，一定程度上压制了官场贪贿公行的风气。
对于汉人大才，好吃好喝的招待。他对汉人名士的器重不仅形诸言表，而且付诸于行动，常常不拘一格地选拔保荐人才，如肃顺不惜违反科场条规选拔使用高心夔。当肃顺访知江西道员李桓为干吏，有能名，即令人示意李向他递“门生柬缄”，“即可晋秩两司”
他“最喜结汉人”，热衷招揽人才，府邸常常宾客满座。他广纳有名望的官吏、名士，以及布衣文人，无论是留京应试举子、京官，还是地方官员，都在其结交范围内。他虽家境不算富裕，但对待人才慷慨大方，有孔北海之风。在他的周围聚集了众多名噪一时的汉族文人，有所谓“肃门七子”（一说“肃门六子” ），包括郭嵩焘、王闿运、尹耕云等。还有李鸿裔、龙汝霖等也常与他往来。这些人或是相互引荐，或是慕名投奔。肃顺招揽人才，除了有“资以延誉树党”的目的，还能借此“延揽英雄，以收物望”。
对外强硬
咸丰八年（1858年），俄国西伯利亚总督穆拉维约夫趁英法发动第二次鸦片战争，出兵侵占黑龙江要地瑷珲，迫使黑龙江将军奕山签订中俄《瑷珲条约》。次年，俄国派“东方专家”伊格那提耶夫来北京换约，催促清廷尽快按约划定边界，清廷让肃顺和刑部尚书瑞常负责交涉。他在谈判中无惧俄国人威胁，维护民族尊严。
谈判刚开始，伊格那提耶夫就用惯用手段威胁肃顺：“中俄相邻，俄国比任何海上强国都更易随时打击中国。”毫不畏惧，强调奕山“既无全权证书，又无正式关防”，不能代表清政府，所以《瑷珲条约》无效。
接着，伊格那提耶夫又以“俄人比英法友善”来诱惑，说俄国疆土辽阔，与中国相交百余年，从未交锋，而英国等十余年间已争斗三次，况且俄国离中国更近。还承诺若顺利换约，俄国能保证他国不侵占中国领土，保中国东界平安。
他则直接戳穿其真实意图，称：“贵大臣说为我国防守、怕他国侵占，虽是美意，绝不是借此侵占我国土地。但要是真有别国占据，我国自有应对之法。”
谈判中，肃顺发现伊格那提耶夫带来的条约文本有不少错误。伊格那提耶夫要求肃顺交出中国原本，他以谕旨原文存于大内不便查阅为由，果断拒绝。
伊格那提耶夫见谈判无果，开始强行讹诈，威胁若不答应就会导致领土被侵占。肃顺愤怒回应，将《瑷珲条约》扔在桌上，斥责其只是一纸空文 。伊格那提耶夫谈判失败后离场。
第二天，伊格那提耶夫向清廷发最后通牒，要求三日内换掉他。清廷回应他是皇帝亲信大臣，坚决不换。伊格那提耶夫宣布谈判破裂，前往沪港。
到上海后，伊格那提耶夫积极与英法联军勾结，声称要加大对清廷的打击才能让其屈服。他还对英法统帅表达对肃顺的怨恨，称他是与欧洲为敌的头号人物，曾公开宣称要把欧洲列强赶出中国。