1.完成寄叶计划，寄叶计划就是假装人类还存在，由寄叶部队执行，当地球上的人造人已经相信人了还存在后就差不多可以把寄叶部队销毁消灭伪装证据
2.人类军技术开发主任吉尼亚制定草案初代寄叶九号完善并发送。目的是给人造人一个行动的目的提高士气
3.地堡炸了就炸了，不需要重建，地球同步轨道上还有12座其他人造人的空间站
4.红衣少女放的病毒
5.因为9s没有把他和2B的数据与地堡服务器同步。举例就是有人在井水里下毒你不喝井水就没事了
6.红衣少女的心血来潮
7.机械生命逛地堡服务器比逛公共厕所都容易
8.能杀得看怎么杀，从官方攻略集里的剧情解说来看A2使用的解毒方式是把9s身上的病毒转到自己身上
9.人造人的头发是会长的，别问为什么他说会就会

寄叶根本就不是这个世界观下真正的人造人，而是“人造人造的人”，他们用的是和机械生命一样的核心，也就是都来自外星科技，只是外形像人。按照游戏提供的信息，真正的人造人比方说反抗军实际上都是强人工智能。所以整个寄叶部队包括地堡，一开始就是“人类在月球生活”这出戏的演员，观众则是普通的人造人军队。因为本质上是机械生命，作决策的人造人并没有把他们当作同类对待，在计划的最后一步就是打开后门让寄叶在机械生命制造的病毒攻击下自生自灭，达到对知情的执行者灭口的目的。
2B和9S在总攻作战时没有感染的原因是9S自己说的，因为他没有把他们的数据同步，2B的病毒是后来在战斗中感染的。
这病毒9S应该是可以处理的，至少是可以部分处理，之前的剧情中他已经帮2B处理过病毒感染。但是架不住这回地堡的后门被打开，全员瞬间被感染来不及处理。之后2B在战斗中感染病毒并因为坠机和9S分开，留给她的时间很短，其实9S差一点就赶上了。
A2出场时本来就是长发，杀死2B之后自己拿刀割短的，E结局主角都存活，所以没必要再短发了。

总结下，感谢大伙解答，其他疑问都解决了，唯独计划自毁这点没信服，感觉不必自毁，舞台剧初代29剧情也看了，虽然是解释但感觉有点牵强：https://tieba.baidu.com/p/5137877940
如果把逻辑反推下：
不用自毁，就不用塞漏洞；
没有漏洞，攻陷地堡就要是另一种形式；
如果地堡没沦陷，那剧情无法推进，除非换一个。
这样看，作者应该是先想好后面剧情，再补充打地堡的。但如果是正常攻下会有新问题，例如为什么这个时候攻下、和为什么能攻下等，所以加了漏洞，当然也可能是作者单纯想要“被造物主玩弄”这个情节，来衍生后面的发展。但我觉得最终呈现的样子是有瑕疵吧

地堡必毁，毕竟游戏开场的第一句话就说了横尾老贼刀人来了只有破坏所有证据和知情人才能最大限度保密

忘了游戏怎样，但动画里寄叶计划应该是那个蓝毛女数据人策划的，目的是和A2当初的作战一样，制造一个巨大的难题给自己（9S和A2的反抗），好让自己解决了后能进化，动画可能有改动，具体细节还是要参考游戏原作

破坏的目的很简单啊，为了隐瞒人类已经灭亡的事实，而能守住秘密的只有死人