亚麻荠精华虽有诸多益处，但以下人群不适合或需谨慎使用：
过敏体质者
亚麻荠精华中含有的蛋白质、不饱和脂肪酸等成分可能成为过敏原，过敏体质人群使用后，免疫系统会将其识别为外来抗原，引发免疫反应。比如在皮肤上使用含亚麻荠精华的产品，可能出现皮肤红肿、瘙痒、起疹子等接触性皮炎症状；口服亚麻荠精华补充剂时，可能出现呼吸道过敏症状，如打喷嚏、流鼻涕，严重时甚至可能引发呼吸困难、过敏性休克等严重反应。
正在服用抗凝血药物者
亚麻荠精华中的 α- 亚麻酸等成分具有一定的抗凝血作用，与抗凝血药物（如华法林、阿司匹林等）同时使用时，会增强药物的抗凝血效果，使出血风险增加。可能导致皮肤出现瘀斑、流鼻血、牙龈出血等症状，严重时甚至可能引发消化道出血、脑出血等危及生命的情况。
患有出血性疾病者
如血友病患者，其本身凝血功能存在障碍，体内缺乏某些凝血因子；又如患有血小板减少性紫癜的患者，血小板数量减少，凝血功能受到影响。对于这类人群，亚麻荠精华的抗凝血作用会加重凝血异常，使病情恶化，增加出血的风险和严重程度，可能导致身体各部位出现自发性出血，如关节出血、肌肉血肿等。
孕妇和哺乳期妇女
虽然亚麻荠精华中的营养成分对胎儿大脑和神经系统发育有益，但孕妇和哺乳期妇女属于特殊人群，身体的生理状态较为敏感。在孕期，孕妇的身体对各种物质的代谢和反应都有所不同，过量摄入亚麻荠精华可能会对胎儿产生未知影响。在哺乳期，母亲摄入的物质可能会通过乳汁传递给婴儿，也可能对婴儿的健康产生潜在风险。
肠胃功能较弱者
亚麻荠精华中的油脂成分含量较高，对于肠胃功能较弱、消化能力差的人群来说，大量摄入可能会加重肠胃负担，难以被完全消化吸收。可能引发消化不良、腹痛、腹泻等肠胃不适症状，影响肠胃正常的消化和吸收功能，长期可能导致营养吸收不良等问题。