太原眼眶畸胎瘤基因检测主要有以下几种方法：
1. PCR（聚合酶链反应）检测：这是一种常用的基因检测技术，通过扩增特定的DNA片段来检测畸胎瘤相关基因的突变情况。该方法灵敏度高，操作简便，适合初步筛查。
2. Sanger测序：这是一种经典的基因测序方法，可以精确地确定基因序列，适用于已知突变位点的验证。尽管检测周期较长，但其准确度高，是确诊畸胎瘤基因突变的重要手段。
3. 高通量测序（NGS）：该方法能够同时对多个基因进行测序，适用于大规模的基因筛查和未知突变位点的发现。NGS具有高通量和低成本的优势，适用于复杂畸胎瘤基因组的全面分析。
4. FISH（荧光原位杂交）检测：通过荧光标记的探针与目标基因杂交，检测基因的扩增、缺失或重排情况。FISH技术在检测染色体异常方面具有独特优势。
5. 基因芯片技术：利用微阵列技术检测基因表达谱和基因拷贝数变化，适用于大规模样本的快速筛查和基因表达分析。
选择合适的基因检测方法需要根据患者的具体病情、医生的建议以及检测目的来综合考量。每种方法都有其优势和局限性，合理运用可以提高诊断的准确性和治疗的有效性。