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鉴定CARM1的全基因组转录的转录靶标

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  • 广州基云生物
  • 武林新贵
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通过anti-CARM1 ChIP-seq实验,共鉴定出17,749个carm1特异性结合峰和4,866个独特的启动子基因(图1a)。KEGG分析发现,这些基因参与HIF-1、Wnt、VEGF等信号通路(图1b)。ChIP-qpcr检测显示,CARM1在CARM1、CDK4、Cyclin D1、β-Catenin、HIF1A、MALAT1, MAT2A、VEGFA和Vimentin等启动子上强富集,验证了ChIP-seq结果(图1c)。对所选基因进行anti-H3R17me2a和anti-H3R26me2a ChIP-qpcr分析,显示H3R17me2a和H3R26me2a占据了目标启动子(图1d)。进一步表明,这些启动子被CARM1占据。
敲减CARM1进行RNA-seq,KEGG分析显示Wnt、HIF-1和VEGF信号通路富集(图1e-f),这与ChIP-seq数据一致。此外,##ChIP-seq中的启动子基因(P < 0.001)与RNA-seq中下调的基因重叠(图1g)。RT-qPCR和WB验证了CARM1敲低引起的变化(图1h-i)。
全文可查阅:【《Protein Cell》解读:CARM1与HIF1A互作结合至多个靶点启动子,协调促进三阴性乳腺癌(TNBC)的进展】。
如有相关科研问题,欢迎来询探讨。


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