软件著作权在认定高新技术企业中的优势主要表现在以下几个方面：
1. 技术创新证明：软件著作权体现了企业在软件开发领域的创新成果，能够证明企业具有独立的研发能力，符合高新技术企业对技术创新的要求。
2. 研发费用加分：高新技术企业认定重视企业的研发投入，拥有软件著作权的企业能更好地证明其研发活动的真实性和规模，增加研发费用的加分，有助于提升认定通过率。
3. 知识产权积累：软件著作权作为一种重要的知识产权形式，能够提升企业的知识产权总量和质量。在认定过程中，企业的知识产权数量和质量直接影响评分，拥有软件著作权有助于提高整体评分。
因此，软件著作权为企业提供了在认定过程中技术创新、研发投入和知识产权等方面的优势，增加了获得高新技术企业认定的可能性。