南中平定，诸葛亮则分南中四郡益州、永昌、牂柯、越巂为六郡益州、永昌、牂柯、越巂、云南、兴古，以当地人或将领统领，有人曾劝谏诸葛亮留兵镇守，但诸葛亮认为这有三不易：
第一：“若留外人，则当留兵，兵留则无所食，一不易也（若果留下外人，则要留兵驻守，留下士兵则要粮食，这是第一个不易）”；
第二：“加夷新伤破，父兄死丧，留外人而无兵者，必成祸患，二不易也（加上夷人新破，死伤甚多，有的父死兄丧，如留外人但没有士兵驻守，必定成为祸患，这是第二个不易）”；
第三：“又夷累有废杀之罪，自嫌衅重，若留外人，终不相信，三不易也（又夷人忧怕有废杀的罪名，自怕过失过重，若果留下外人，终不会得到信任，这是第三个不易）”；
最后，诸葛亮平衡各条件，决定达至“不留兵，不运粮”的政策，任李恢为建宁太守、吕凯为云南太守，又收降爨习、孟琰等，与孟获一起授予官职，笼络南人。只有马忠是外地人而被任为牂柯太守，但仍能做到受夷人所敬重。
蜀汉亦移南中万多家劲卒、青羌到蜀地，分成为五部，号为“飞军”，非常勇猛。又分开瘦弱，配给大族焦、雍、娄、爨、孟、量、毛、李为部曲，设置五部都尉，号为五子，所以南人有四姓五子的说法。而夷人都十分刚毅、斗狠，与大族、富豪关系很差；蜀汉便劝大族捐出金帛，聘请夷人作部曲，聘请越多，便可世袭官位。于是夷人渐渐臣服属于朝廷，建立起夷、汉并列的部曲。
而南人上贡的金、银、丹、漆、耕牛、战马等，令蜀汉军费有所供给，国家富裕，为诸葛亮北伐提供物资。南人的小规模叛变虽然没有停止，但相较东汉时期，南中却相对平稳，而多次叛乱亦被马忠、李恢、吕凯等快速平定。