当炎性区域坏死，被胶质细胞和成纤维细胞围绕形成囊时即成为脑脓肿。脓肿周围水肿可能会增加颅内压，脓肿本身也一样。
脑脓肿的病因
脑脓肿可由以下病因引起：
•颅外感染直接扩展（如骨髓炎、乳突炎、鼻窦炎和硬膜下积脓）
•脑贯通伤（包括神经外科手术）
•血源性播散（如细菌性心内膜炎、右向左分流的先天性心脏病、静脉药物滥用）
•原因不明
感染的细菌多为厌氧性，有时是混合性，常见的是 Bacteroides拟杆菌属和厌氧菌属以及链球菌属。葡萄球菌通常在颅脑外伤、神经外科手术或心内膜炎后感染肠杆菌类可能是慢性耳源性感染的唯一原因。之后 慢性化脓性中耳炎、厌氧菌、链球菌和革兰氏阴性菌是常见原因。
真菌（如 曲霉菌）和寄生虫（如 弓形虫，特别是HIV感染病人）也可引起脑脓肿。
脑脓肿的症状和体征
症状是由颅内压升高、占位效应引起，有时是局灶性脑损伤引起的。通常，头痛、恶心、呕吐、昏睡、癫痫、人格改变、视乳头水肿和局灶性神经症状可在数天和数周内逐渐发生；但有些患者的症状直到病程晚期才出现。
在感染形成脓肿前可有高热、畏寒和白细胞增高，但可无上述症状或随时间消退，或不发生。
脑脓肿的诊断
•增强MRI或增强CT
根据《默沙东诊疗手册》的表述，当症状提示可能存在脑脓肿时，应行磁共振增强扫描和弥散加权图像，如MRI不便获得，则做增强CT扫描。完全成熟的脑脓肿可表现为水肿肿块伴环形强化，但与脑肿瘤，有时与梗死鉴别时存在困难；这时需要进行CT引导下穿刺、培养或手术切除。
从脓肿中吸取脓液培养可以使脓肿的靶向抗生素治疗成为可能。 但在获得培养结果之前，不应停用抗生素。
小脑脓肿
因为脑脊液结果缺乏特异性，并可能会导致小脑幕切迹疝，不推荐腰椎穿刺（见表各种疾病的脑脊液异常）。