可以这么理解，浮士德是特异区意志的代表，医生也是其中之一，他们的真实目的都是要让特异区得到自由扩张到全世界。 抢扫描仪貌似都是为了中间那块神器。

有点类似黑客帝国 浮士德可以变成任何人

你看看，我说什么来着。。。。

游戏里这两个问题以及很多别的事情都没有解释，前面的那个问题我有个猜想。
已知的事情是
1 扫描仪特殊点在于上面的神器，砸主角家里的那个。
2 浮士德需要带这个去晴空基地
3 最终目的是在研究所实验时重新对黑石洗脑
据此的一个比较low的推测是:
这个神器相当于一个u盘，浮士德带去晴空基地烧写了程序，烧完给了主角带去研究所，一插上去就激活了程序。后面没人管这个神器也是因为u盘用完无所谓了。
。
这个事情很关键的一点在于，浮士德凭什么知道把这个神器插上去就能重新洗脑黑石，凭什么能在晴空基地对这个神器做出精确操作，是完全没有解释的。
另外还要说的一点就是，洗脑黑石和后半段主线基本是没什么关系的。。主要就起到把主角拉入坑这个作用。即使是史特列洛克的封锁结局，也不是靠黑石来进行封锁。
。
后面的另一个问题，医生为什么变浮士德了，可靠信息太少了，就像是刺客信条的ezio第一次看到先行者，只能说出wtf。

可以这样理解不？浮士德可以附身任何人，但只有主角斯基夫看得出来谁被附身了（主角看过去那个被附身的就显示出浮士德的样子）

那个扫描仪的神器不一般，好像是叫阿尔法神器，许愿石就是阿尔法神器。
天台打完浮士德，浮士德说我想把美好带给变异区每一个潜行者。医生不喜欢以前的x计划c意识那种直接切成负面情绪的洗脑黑石，他自己后面弄了个y计划创造一个新的意识只强化人的爱心同情心，然后全世界应加入促进人类发展。但是疤脸线打完浮士德，疤脸要浮士德挂坠和c意识对话，要搞闪耀区。所以浮士德到底是c意识的洗脑特工还是医生的洗脑特工就分不清了。

还有剧情大佬知道是咋回事的吗？

我觉得吧：
一半可能是毛子做东西一向粗糙导致
另外一半是挖坑好出三代（谜语人414）

等dlc出来应该能知道哪个结局是官方结局了，dlc大概率是接某一个结局之后的故事，钢铁等林和两个迷雾罩着的地区还没解锁