天正八年（1580年）织田信忠消灭了反叛的别所长治，本愿寺山穷水尽退出石山，柴田胜家在加贺攻城掠地，羽柴秀吉攻占鸟取城夺取因幡一国，德川家康在远江向武田发起反攻，包围了重镇高天神城。织田氏的形势一片大好，奥羽，九州的大名纷纷遣使上京表示恭顺，信长的天下已在眼前。
耶稣会教士佛罗伊斯将日本即将统一的情况写信通知了耶稣会总部和他的母国葡萄牙。1581年4月西班牙国王腓力二世进入里斯本，西葡合并。看到佛罗伊斯的报告后，狂傲的腓力二世表示自己不久就将派遣军队征服东方，“将主的荣耀传播到东方”，命令耶稣会配合军事行动。得到命令的耶稣会制订了暗杀织田信长，挑动织田氏内乱的计划。耶稣会远东总司铎范礼安（亚历山德罗·范礼纳诺）是计划的总负责人。
但是到了七月，尼德兰宣布不再接受哈布斯堡家族的统治，成立联省共和国，疲于镇压尼德兰和对付其背后的英国的无耻偷袭的腓力二世已无心介入东方事物，命令耶稣会取消计划。但是这封远渡重洋的信件由于风暴的影响没有如期抵达日本。
1581年范礼安携佛罗伊斯上洛朝见信长，将一名黑人奴隶献给信长。喜欢新奇事物的信长果然大喜，认命其为自己的小姓。信长不知道是，他命名为弥助的小姓，其实是耶稣会精心培训的刺客，为了此次计划专门从果阿派遣而来。范礼安派遣佛罗伊斯在近幾游历，物色反叛计划的执行人选。佛罗伊斯在越前见到了高山重友，并拉其入伙。高山虽然是个愿意为主的事业献身的虔诚信徒，可其军事力量却不足以撼动信长的统治。于是他们又联系上了因被信长当众殴打而心怀愤恨的明智光秀。耶稣会承诺，信长死后，幾内的高山右近，九州的大友，大村等切支丹大名将归附到光秀旗下，同时葡萄牙商馆将全力支援光秀火炮，火药等军事物资，帮助其统一天下。
天正十年（1582年）5月15日，明智，高山得到了信长命令其出兵支援羽柴秀吉的命令，同时获知信长不日将上洛。5月27日，耶稣会将事先藏在堺商馆内的火炮偷偷运入京都的教堂。
6月1日，一艘西班牙商船在长崎靠港，带来了腓力二世姗姗来迟的命令。览信大惊的范礼安急遣快船通知京都的佛罗伊斯停止执行暗杀计划。
6月2日凌晨，明智军包围了本能寺，葡萄牙炮手炮击本能寺正门，明智军从缺口处一拥而入。信长率领众马迴，小姓与明智军杀作一团，手刃十余名敌军。在手臂被砍伤后，信长退至御殿的长廊内，指挥家臣依靠本能寺内狭窄的地形，挡住了明智军的攻势。葡萄牙火炮再次发挥了重要作用，炮击轰塌了御殿一角，并引发了大火。信长与森兰丸等小姓被火势困在御殿内，与其它家臣暂时隔开。一直在暗处等待时机的弥助暴起，扭断了森力丸的脖子，夺取其佩刀后斩杀了兰丸等小姓，并刺死了信长。出身莫桑比克，受训于印度的弥助，不了解日本首级检视的习俗，所以并未割下信长的首级。信长的尸体消逝于红莲之中。
杀死信长后，弥助来到明智军中，告知光秀信长已死，并献上信长的佩刀宗三左文字。由于没有取得信长的首级，明智家老斋藤利三大怒，欲处死弥助。光秀念及其斩杀信长的功绩，将其释放，并遣其告知佛罗伊斯信长已死的消息。其后，明智军包围二条御所，讨杀了织田信忠。
正当明智军忙于镇压幾内时，范礼安的信使来到京都。接到命令后的佛罗伊斯知道铸成大错，与明智断绝通信，在弥助的保护下逃到堺。弥助乘坐快船逃到长崎范礼安处，后来范礼安安排其逃回果阿。高山右近接受佛罗伊斯指示倒戈投向羽柴秀吉。遭遇背叛的光秀战败后被高山右近的手下伏杀，承担了所有的污名。
但是真相不会永远埋没，正义只会迟到，从来不会缺席。1596年，西班牙船“圣菲利普号”漂流至土佐，水手与当地人起了冲突，一名曾参与炮击本能寺的葡萄牙老兵，为了恐吓当地人，便说出其曾经杀死过日本之王。土佐的长宗我部获知后，将人拿下并飞报秀吉，经严刑拷打后，秀吉获知了本能寺的真相，大怒之下宣布抓捕传教士，处决教徒。被包围在教堂内的佛罗伊斯绝望之下，命令信徒杀死了自己。高山右近仓皇逃亡菲律宾。率领遣欧使节团从罗马归来的范礼安接到东窗事发的消息，止步于澳门，终身不再踏足日本。
作为丰臣政权的大老，获知真相的德川家康同样憎教会，在其掌握天下后开始亲近葡萄牙，西班牙的敌人英国和荷兰，后继的德川将军们始终对教会持警惕态度，强迫教徒改信，并发布了锁国令。