天正八年（1580年）织田信忠消灭了反叛的别所长治，本愿寺山穷水尽退出石山，柴田胜家在加贺攻城掠地，羽柴秀吉攻占鸟取城夺取因幡一国，德川家康在远江向武田发起反攻，包围了重镇高天神城。织田氏的形势一片大好，奥羽，九州的大名纷纷遣使上京表示恭顺，信长的天下已在眼前。
耶稣会教士佛罗伊斯将日本即将统一的情况写信通知了耶稣会总部和他的母国葡萄牙。1581年4月西班牙国王腓力二世进入里斯本，西葡合并。看到佛罗伊斯的报告后，狂傲的腓力二世表示自己不久就将派遣军队征服东方，“将主的荣耀传播到东方”，命令耶稣会配合军事行动。得到命令的耶稣会制订了暗杀织田信长，挑动织田氏内乱的计划。
但是到了七月，尼德兰宣布不再接受哈布斯堡家族的统治，成立联省共和国，疲于镇压尼德兰和对付其背后的英国的无耻偷袭的腓力二世已无心介入东方事物，命令耶稣会取消计划。但是这封远渡重洋的信件由于风暴的影响没有如期抵达日本。
1581年佛罗伊斯上洛朝见信长，开始物色计划执行人选。在越前见到了高山重友，并拉其入伙。高山虽然是个愿意为主的事业献身的虔诚信徒，可其军事力量却不足以撼动信长的统治。于是他们又联系上了因被信长当众殴打而心怀愤恨的明智光秀。耶稣会承诺，信长死后，幾内的高山右近，九州的大友，大村等切支丹大名将归附到光秀旗下，同时葡萄牙商馆将全力支援光秀火炮，火药等军事物资，帮助其统一天下。
天正十年（1582年）5月15日，明智，高山得到了信长命令其出兵支援羽柴秀吉的命令，同时获知信长不日将上洛。5月27日，耶稣会将事先藏在堺商馆内的火炮偷偷运入京都的教堂。6月2日凌晨，明智军包围了本能寺，葡萄牙炮手炮击本能寺本丸，信长当场被炸死，炮击引发大火，本能寺御殿被烧毁。杀死信长后，明智军包围二条御所，讨杀了织田信忠。
正当明智军忙于镇压幾内时，一艘葡萄牙商船在堺靠岸，腓力二世的命令姗姗来迟。接到信件后的佛罗伊斯知道铸成大错，与明智断绝通信，逃出了京都。高山右近接受教会指示倒戈投向羽柴秀吉。遭遇背叛的光秀战败后被高山右近的手下伏杀，承担了所有的污名。
但是真相不会永远埋没，正义只会迟到，从来不会缺席。
1596年，西班牙船“圣菲利普号”漂流至土佐，水手与当地人起了冲突，一名曾参与炮击本能寺的葡萄牙老兵，为了恐吓当地人，便说出其曾经杀死过日本之王。土佐的长宗我部获知后，将人拿下并飞报秀吉，经严刑拷打后，秀吉获知了本能寺的真相，大怒之下宣布抓捕传教士，处决教徒。被包围在教堂内的佛罗伊斯绝望之下，命令信徒杀死了自己。高山右近仓皇逃亡菲律宾。
作为大老，同样获知真相的德川家康同样憎教会，开始亲近葡萄牙，西班牙的敌人英国和荷兰，后继的德川将军们始终对教会持警惕态度，强迫教徒改信，并发布了锁国令。