流经怀仁市境内的河流有14条。主要河流为桑干河。鹅毛河、大峪河、小峪河、口泉河、浑河、御河、木瓜河、虾河、尚希庄河等为桑干河的一级支流。下峪河为桑干河的二级支流，浑河的一级支流。峙峰山河为桑干河的二级支流，大峪河的一级支流。路庄河、芦子河为桑干河的二级支流，小峪河的一级支流。
桑干河：该河属海河流域永定河水系，为海河的一级支流。发源于宁武管涔山庙儿沟，初称恢河。流经忻州市宁武县城、阳方口入朔州市境内，至朔城区太平窑水库接纳七里河，然后继续向东北，于马邑下游清河寺附近同元子河汇合后始称桑干河。此后经东榆林水库、西朱庄至本市境内的郑庄、李家小村、神嘴窝、黄庄、新桥、仝庄、大盐坊等村庄，于古家坡村东南进入大同市境内，在阳高县南徐出省境，进入河北省阳原县，最后于官厅水库上游与洋河汇合后注入永定河。境内流程28.7公里，河宽100—200米，砂泥质河底，水深0.7—0.8多米。年平均年径流深18.9毫米。
浑河：为桑干河一级支流。发源于浑源县东山乱岭关，大致由东北向西南流经浑源县城，至西坊城乡的小辛庄村西进入朔州市境内，然后向西经应县镇子梁水库北折进入本市境内，经中柳会村、蒲里村，在小昌城村与下峪河汇合后，经旧站村，于新桥村西汇入桑干河。境内流域面积83.2平方公里，流程11.3公里，多年平均年径流深23.8毫米。
下峪河：为桑干河二级支流，浑河的一级支流。发源于浑源县驼峰乡屈家坪村。由下峪村进入本市境内，于小昌城村汇入浑河。境内流域面积51.1平方公里，流程10.5公里，多年平均年径流深23.8毫米。
口泉河：为桑干河一级支流。发源于大同市左云县水窑乡截口山五丰嘴村，由西南向东北流经左云县水窑乡、大同市南郊区鸦儿崖乡、口泉镇，然后转向东南，经南郊区苏庄村，于毛皂镇秀女村西偏北方向进入本市境内，于怀仁县智民庄村汇入桑干河其河道的上中游河段在大同市，下游河段在本市境内流域面积112.8平方公里，流程21.5公里，多年平均年径流深15.7毫米。
大峪河：为桑干河一级支流。发源于左云县水窑乡截口山葫芦峪村，经大同市左云县铺龙湾村，于吴家窑村北进入本市境内，于碗村南与峙峰山河汇合，至新家园乡的大峪口处分为两条河槽，北支流为路庄河，向东汇入桑干河，南支流为尚希庄河，由东南方向汇入桑干河。大峪口以上为山区型，以下为平原型。
峙峰山河：为桑干河的二级支流，大峪河的一级支流。发源于大同市左云县小京庄乡羊圈头村，从吴家窑镇的窑子头村进入本市境内，于碗窑村南与大峪河汇合。境内流域面积16.3平方公里，流程6.1公里，多年平均年径流深25.8毫米。
路庄河：为桑干河的二级支流，小峪河的一级支流。大峪河在大峪口村东出山峪口分为两条支流，北支流为路庄河，向东经路庄、南铺、周家窑、草地等村，在海北头乡的高镇子村南与小峪河汇合，于神嘴窝村东南汇入桑干河，该河河槽是大峪河的原始河道。境内流域面积101.9平方公里，流程32.8公里，多年平均年径流深13.1毫米。
尚希庄河：为桑干河一级支流。大峪河在大峪口村东出山峪口分为两条支流，南支流为尚希庄河，经尚希庄、赵麻寨、石庄等村，转东南于田家坊村南进入应县，在应县的屯儿村东北汇入桑干河。境内流域面积85.9平方公里，流程27.4公里，多年平均年径流深13.8毫米。
小峪河：为桑干河一级支流。起源于在大同市左云县水窑乡截口山冯家窑村，由西北向东南从新家园乡小峪村进入本市境内，经新家园乡小峪口村、庄头村、何家堡乡宋庄村，在亲和乡万金桥村南与芦子河汇合后，经草地村，在高镇子村与路庄河汇合后，于神嘴窝村东南汇入桑干河。境内流域面积317.2平方公里，流程39.3公里。多年平均年径流深15.4毫米。
芦子河：为桑干河二级支流，小峪河的一级支流。起源于何家堡乡芦子沟村西南，经芦子口、跃进、磨道河等村，在亲和乡万金桥村南汇入小峪河。境内流程14.6公里，流域面积已包括在小峪河的流域面积内。
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桑干河：该河属海河流域永定河水系，为海河的一级支流。发源于宁武管涔山庙儿沟，初称恢河。流经忻州市宁武县城、阳方口入朔州市境内，至朔城区太平窑水库接纳七里河，然后继续向东北，于马邑下游清河寺附近同元子河汇合后始称桑干河。此后经东榆林水库、西朱庄至本市境内的郑庄、李家小村、神嘴窝、黄庄、新桥、仝庄、大盐坊等村庄，于古家坡村东南进入大同市境内，在阳高县南徐出省境，进入河北省阳原县，最后于官厅水库上游与洋河汇合后注入永定河。境内流程28.7公里，河宽100—200米，砂泥质河底，水深0.7—0.8多米。年平均年径流深18.9毫米。
浑河：为桑干河一级支流。发源于浑源县东山乱岭关，大致由东北向西南流经浑源县城，至西坊城乡的小辛庄村西进入朔州市境内，然后向西经应县镇子梁水库北折进入本市境内，经中柳会村、蒲里村，在小昌城村与下峪河汇合后，经旧站村，于新桥村西汇入桑干河。境内流域面积83.2平方公里，流程11.3公里，多年平均年径流深23.8毫米。
下峪河：为桑干河二级支流，浑河的一级支流。发源于浑源县驼峰乡屈家坪村。由下峪村进入本市境内，于小昌城村汇入浑河。境内流域面积51.1平方公里，流程10.5公里，多年平均年径流深23.8毫米。
口泉河：为桑干河一级支流。发源于大同市左云县水窑乡截口山五丰嘴村，由西南向东北流经左云县水窑乡、大同市南郊区鸦儿崖乡、口泉镇，然后转向东南，经南郊区苏庄村，于毛皂镇秀女村西偏北方向进入本市境内，于怀仁县智民庄村汇入桑干河其河道的上中游河段在大同市，下游河段在本市境内流域面积112.8平方公里，流程21.5公里，多年平均年径流深15.7毫米。
大峪河：为桑干河一级支流。发源于左云县水窑乡截口山葫芦峪村，经大同市左云县铺龙湾村，于吴家窑村北进入本市境内，于碗村南与峙峰山河汇合，至新家园乡的大峪口处分为两条河槽，北支流为路庄河，向东汇入桑干河，南支流为尚希庄河，由东南方向汇入桑干河。大峪口以上为山区型，以下为平原型。
峙峰山河：为桑干河的二级支流，大峪河的一级支流。发源于大同市左云县小京庄乡羊圈头村，从吴家窑镇的窑子头村进入本市境内，于碗窑村南与大峪河汇合。境内流域面积16.3平方公里，流程6.1公里，多年平均年径流深25.8毫米。
路庄河：为桑干河的二级支流，小峪河的一级支流。大峪河在大峪口村东出山峪口分为两条支流，北支流为路庄河，向东经路庄、南铺、周家窑、草地等村，在海北头乡的高镇子村南与小峪河汇合，于神嘴窝村东南汇入桑干河，该河河槽是大峪河的原始河道。境内流域面积101.9平方公里，流程32.8公里，多年平均年径流深13.1毫米。
尚希庄河：为桑干河一级支流。大峪河在大峪口村东出山峪口分为两条支流，南支流为尚希庄河，经尚希庄、赵麻寨、石庄等村，转东南于田家坊村南进入应县，在应县的屯儿村东北汇入桑干河。境内流域面积85.9平方公里，流程27.4公里，多年平均年径流深13.8毫米。
小峪河：为桑干河一级支流。起源于在大同市左云县水窑乡截口山冯家窑村，由西北向东南从新家园乡小峪村进入本市境内，经新家园乡小峪口村、庄头村、何家堡乡宋庄村，在亲和乡万金桥村南与芦子河汇合后，经草地村，在高镇子村与路庄河汇合后，于神嘴窝村东南汇入桑干河。境内流域面积317.2平方公里，流程39.3公里。多年平均年径流深15.4毫米。
芦子河：为桑干河二级支流，小峪河的一级支流。起源于何家堡乡芦子沟村西南，经芦子口、跃进、磨道河等村，在亲和乡万金桥村南汇入小峪河。境内流程14.6公里，流域面积已包括在小峪河的流域面积内。
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