性别差异也是影响青少年心理健康的重要因素之一。资料显示，女性青少年的心理健康问题相对更为严重。研究表明，女生在青春期发育期间，生理和心理变化更为显著，同时她们更加注重与他人的情感交流，容易受到人际关系和情感波动的影响。
陶然表示：这个年龄段女生比男生发育要早，生理、心智更加成熟，对各种事物更加敏感，女生也更容易受到身体形象不佳的影响，因此比男生更容易出现一些心理问题。
对中学生开展精神压力评测分析
一个有趣发现是，我国独生子女的幸福感较高，有兄弟姐妹的反而幸福感较低，可能与家庭子女数量增加导致父母关爱和物质获得被稀释有关。特别是老大为女孩的家庭，常认为父母重男轻女，父母生了弟弟后，自己的家庭地位下降，从而导致一定的心理波动。
此外，性别刻板印象也在无形中加剧了女生的心理压力。社会普遍认为女生应该更加温柔、体贴、懂事，而这种隐形的性别角色期待可能对女生的自我认同产生负面影响，进而导致焦虑和自卑等问题的出现。相比之下，男生则更多地被期待表现出“坚强”和“理性”，他们通常倾向于隐藏自己的情绪问题，导致心理问题得不到及时解决。