脉冲强光消毒杀菌技术的原理主要包括以下几个方面：
• 光热效应：脉冲强光由灯产生光子通量，当光子被微生物的细胞壁等基质吸收后，光子失去电能转化为热能，使微生物自身瞬间被加热，导致细胞内物质的热运动加剧，最终出现细胞破裂，从而杀灭微生物.
• 光化学效应：脉冲强光中的紫外波段，可使微生物细胞中的遗传物质，如DNA和RNA，大量吸收紫外光，从而在体内形成间二氮杂苯及异构体，使细菌自身的新陈代谢机能出现障碍，导致其遗传性出现问题，最终致使细菌群体死亡.
• 物理破坏作用：很强的电子电流会产生强大的电磁场，高光子通量与强大电磁场结合，对细菌、酵母、真菌和病毒等产生破坏性的物理影响，如细胞壁磨损甚至部分蒸发，进而破坏微生物的结构和功能，达到杀菌的目的.
• 光敏作用：脉冲强光中的蓝光等特定波段具有光敏作用，能够有效破坏细菌细胞外膜，使细菌破裂分解失去活性.