1955年12月19日，中华人民共和国卫生部中医研究院正式成立。1985年10月8日，经卫生部同意，更名为“中国中医研究院”；2005年11月15日，经中央机构编制委员会办公室批准，更名为“中国中医科学院。
截至2021年底，中国中医科学院下设18个研究所、6家医疗机构、1个研究生院、3家分院以及中医古籍出版社、中医杂志社等学术单位。拥有诺贝尔奖获得者1名、院士5名，国医大师7名；拥有岐黄工程首席科学家2人，岐黄学者27人，青年岐黄学者11人。学院共获得院外各级各类科技奖励870余项，其中国家科学技术奖54项。
学院现有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科所涵盖的所有二级学科专业的博士、硕士学位授予权，图书与情报管理一级学科的硕士学位授予权，38个国家中医药管理局重点学科以及中医学、中药学、中西医结合3个一级学科的博士后科研流动站。