术语参考释义
本书针对的主要读者是不需要术语释义的生物学家,但有人建议我解释一些专业术语,以使本书更通俗易懂。这里的许多术语在他人著作中已有上佳的定义（例如 Wilson 1975； Bodmer & Cavalli-Sforza 1976）。我当然无意对现有的定义再做什么改进，但对有争议的词或与本书主题特别相关的问题，我也添加了个人的旁注。我已试图避免使用过多明显的交叉引用,因为这会使释义变得杂乱无章，但我还是要提示读者，释义中使用的许多词，也可以在此部分找到释义。
适应（adaptation）
这是一个专业术语，它在生物学中已经逐渐偏离了作为“修改”的近义词的常见用法。从像“蟋蟀的翅膀适应鸣叫(从它们飞行的主要功能修改而来)”这样的句子(暗含它们是为鸣叫而设计之意)中可见，“适应”大致意味着一个生物体的某种属性对某些东西是“有利的”。至于是什么意义上的有利，又对什么或对谁有利,这些都是本书详细讨论的难题。
等位基因(alleles，即 allelomorphs 的缩写)
每个基因只能占据染色体的一个特定区域，即它的基因座，或称基因位点。在种群中,在任何给定的基因座上,都可能存在该基因的可替代形式。这些可替代基因被称为彼此的等位基因。本书强调，等位基因在某种意义上是彼此竞争的,因为在演化过程中,在种群的所有染色体中,成功的等位基因在同一基因座上相较其他等位基因获得了数量上的优势。
异速生长（allometry）
身体某一部位的大小和整个身体大小之间不成比例的生长关系，这种比较可在个体之间进行，也可在同一个体的不同生命阶段间进行。例如，体型较大的蚂蚁往往有相对非常大的头部（而人类往往是矮小者的头部大）；其头部的生长速度与身体整体的生长速度不同。在数学上,部位的大小通常被认为与整体大小的幂相关，后者可能是分数。
异城物种形成理论( allopatric thecry of speciation)
得到广泛支持的观点，即种群趋异演化为不同物种（不再杂交〕发生在地理上彼此隔绝的地域。与其对立的“同域理论”(sympatric theory)在理解初期物种如何分化时产生了困难。如果这些物种持续处于相互杂交的状况,从而导致基因库混同，就无法实现分化(参见该词条)。
利他行为(altruism)
生物学家在有限的含义上使用这个术语(有些人会说这是误导性的)，这个术语只在表面意义上与其日常用法关联。一个实体，如狒狒或基因，如果它的效果(而非目的)是以牺牲自身利益为代价来促进另一个实体的利益,就被称为具有利他行为。“利他行为”的各种含义源于对“利益”的不同解释。而“自私”(selfish)的用法则与其正好相反。
后期（anaphase）
细胞分裂周期中成对染色体彼此分开的阶段。在减数分裂中有两次连续的分裂，对应两个分裂后期。
异配生殖（anisogamy)
大配子(雌配子)和小配子（雄配子)发生融合的一种性系统。其与“同配生殖" (isogamy)相对,在后者中有性配子融合,但没有雄性/雌性分化,所有配子的大小大致相同。

抗体（antibodies）
动物免疫反应中产生的蛋白质分子,用来中和入侵的异物(抗原)。
抗原（antigens)
激发抗体形成的异物，通常是蛋白质分子。
警戒态（aposematism)
指像黄蜂这样令人讨厌或危险的生物用鲜艳的颜色或具有同等作用的强烈刺激来“警告”敌人的现象。这些方法被认为是通过让敌人更容易地学会规避它们而发挥作用，但对于这种现象最初如何演变而来，尚存在（并非不可克服的）理论困难。
造型交配( assortative mating)
个体选择与自己相似（积极选型交配，或称同征择偶）或不相似（消极选型交配）配偶的倾向。有些人只在积极的意义上使用这个词。
常染色体(autosome)
不是性染色体的染色体。
鲍德温/沃丁頓效应（Baldwin/Waddington Effect ）
由斯伯丁在1873年首次提出。一种很大程度上尚属假设的演化过程[也称遗传同化(genetic assimilation )],该过程会产生一种后天获得性状可通过自然选择进行遗传的错觉。对于在环境刺激下获得某种性状的遗传倾向，如果选择有利于这种倾向,就会导致对相同环境刺激敏感性增加的演化,并最终使性状的获得摆脱对环境刺激的需求。在第62页中,我指出,我们可以培育出一种自发产奶的雄性哺乳动物,只要给连续几代的雄性使用雌性激素,并选择对雌性激素更敏感的雄性。激素或其他环境处理的作用是激发原本处于休眠状态的遗传变异，并使其转入开启状态。
中心法则（central dogma）
分子生物学信条，认为核酸是合成蛋白质的模板，反之则不然。更宽泛地说，该信条指基因可对身体的形态产生影响，但身体的形态永远不会反译回遗传密码，即后天获得的性状不是可遗传的。
染色体（chromosome）
在细胞中发现的基因链之一。构成染色体的除了 DNA本身，通常还有一个复杂的蛋白质支撑结构。在光学显微镜下，染色体只有在细胞周期的特定时间才可见,但其数量和线性可以仅从遗传事实的统计推理出来(参见词条“连锁")。染色体通常存在于身体的所有细胞中,尽管在任何单个细胞中只有少数染色体是活跃的。在每个二倍体细胞中通常有两条性染色体以及若干常染色体（人类为 44 条）。
顺反子（cistron）
一种定义基因的方法。在分子遗传学中，顺反子在特定的实验测试中有精确的定义。更宽泛地说，它是指负责编码蛋白质中一条氨基酸链的一段染色体。
密码子(codon)
遗传密码中的三联单位（核苷酸），规定蛋白质链中单个单位（氨基胺）的合成。

克隆（clone）
在细胞生物学中，指一组基因完全相同的细胞，它们都来自同一个祖先细胞。人体是由10^15个细胞组成的巨大克隆。这个词也用来指代所有细胞都属于同一克隆的一组生物。因此，一对同卵双胞胎可以说是同一克隆的成员。
科普法则（Cope's Rule）
一种经验主义的概括，指朝着更大体型演化的趋势具有普遍性。
交换 (crossing-over)
染色体在进行减数分裂时交换部分遗传物质的复杂过程,其结果是几乎无限种配子的排列组合。
达西·汤普森变换（D'Arcy Thompson's transformations)
一种图形技术，证明一种动物的形态可以通过数学上可列举的变形转化为与其具有亲缘关系的动物的形态。达西·汤普森会在普通的图纸上画出这两个形态中的一个。然后指出,如果坐标系以某种特定的方式加以变形,它就会近似地变换成另一个形态。
二倍体（diploid）
如果一个细胞有成对的染色体,在有性生殖的情况下,染色体分别来自父母，则可称该细胞为二倍体。如果一个生物体的体细胞均为二倍体，我们也称该生物体为二倍体。大多数有性生殖的生物是二倍体。
显性（dominance)
当一个基因与其等位基因共同存在时，如果前者抑制了该(隐性)等位基因的表型效应，那么就可称这个基因对其等位基因呈显性。例如，如果棕色眼睛基因对蓝色眼睛基因呈显性，那么只有拥有两个蓝色眼睛基因(隐性纯合子)的个体才会拥有蓝色眼睛;而那些拥有一个蓝色眼睛基因和一个棕色眼睛基因(杂合子)的个体与那些拥有两个棕色眼睛基因（显性纯合子）的个体是难以区分的。显性可能是不完全的,在这种情况下,杂合子具有中间表型。与显性相对的是隐性。显性/隐性是一种表型效应的特性，而非基因本身的特性：因此，一个基因可能在一种表型效应中是显性的，而在另一种表型效应中则是隐性的（参见“基因多效性”词条)。
渐成论（epigenesis）
这个词在胚胎学中有很长的争议史。与预成论相反，该学说认为，身体的复杂性是借由基因/环境相互作用的发育过程，从一个相对简单的受精卵逐渐产生的,而不是在卵子中便完全确定的。在本书中,它被用来表达我所赞同的一种观点，即遗传密码更像是一种配方。而不是蓝图。间或会有人说，渐成与预成的区别已经因现代分子生物学变得无关紧要。对这种说法我不敢苟同,并在第9章中对两者做了大量区分。在该章节中，我断言，渐成论意味着胚胎发育从根本上和原则上说是不可逆的，而预成论无此含义（参见“中心法则”同条）。
上位效应（epistasis）
基因对在表型效应中的一类相互作用。从技术上看,这种相互作用是非可叠加性的，这意味着大体上，两个基因的组合效应不等于它们各自作用的总和。例如，一个基因的效应可能会掩盖另一个基因的效应。这个术语主要被用于描述位于不同基因座的基因，但一些作者也用其描述同—基因座的基因之间的相互作用。在后一种情况下，显性/隐性是一种特殊情况。亦可参见“显性”词条。

真核生物(eukaryotes)
地球上的两大生物类群之一，包括所有的动物、植物、原生生物和真菌。其特征是具有细胞核和其他由膜包裹的细胞器(类似于细胞内的“器官”),如线粒体。与原核生物相对。原核生物与真核生物的区别比动物与植物的区别更为根本（至于人类与“动物”的区别，实在不值一提！)。
真社会性(eusociality)
昆虫学家辨识出的最高社会性等级。具有一系列复杂特征，其中最重要的是存在一群不育的“职虫”，它们帮助其长寿的母亲——“女王”繁衍后代。通常被认为仅限于黄蜂、蜜蜂、蚂蚁和白蚁,但也有其他多种动物以颇为有趣的方式接近真社会性。
演化稳定策略(evolutionanily stable strategy, ESS)
一种在受同一策略支配的种群中表现良好的策略。这个定义抓住了该观念的直观本质（见第 7章），但不够精确；其数学定义可参见梅纳德·史密斯所给出的定义(1974),注意第一个词的拼法是"evolutionarily"而非“evolutionary",后者是该语境下常见的语法错误。
延伸的表型(extended phenotype )
一个基因对世界产生的所有效应。一如既往，基因的“效应”应在与其等位基因相比的意义上加以理解。传统意义上的表型是一种特殊情况,在这种情况下,表型效应被认为仅限于基因所在的个体。在实际运用中,方便的做法是将“延伸的表型”的概念仅限于描述对基因存续机会有积极或消极影响的情况。
适合度（fitness）
这是一个有许多令人困惑的含义的专业术语，我花了整整一章来对此加以讨论（第 10 章）。
博弈论(game theory)
一种最初针对人类游戏而发展起来的数学理论，后广延至人类经济和军事战略中，并通过演化稳定策略理论推广到演化领域。当最优策略不是固定的。而是取决于统计上最有可能被对手采用的策略时，博弈论就会发挥作用。
配子(gamete)
在有性生殖中融合的生殖细胞之一。精子和卵子都是配子。
泛子（gemmule）
达尔文在他关于后天获得特征遗传的“泛生论”理论中所支持的一个不可信的概念——这可能是他所犯的唯一严重的科学错误，也是近来颇受赞誉的，被认为是体现他支持“多元论”的一个例子。泛子被认为是一种微小的遗传颗粒，它将身体各部分的信息携带到生殖细胞中。
基因(gene)
遗传的单位。可以根据不同的目的以不同的方式定义。分子生物学家通常在顺反子的意义上使用它。种群生物学家有时则将其用于更抽象的意义。我效仿威廉斯（1966，p.24），有时用“基因”一词来表示“以可观的频率进行分离和重组之物”，以及（p.25）“任何遗传信息，对其有利或不利的选择偏向相当于其内源变化率的数倍或数十倍”。
基因库（gene-pool）
一个繁殖种群中包含的一整套基因。这个术语所用的比喻对这本书来说是乐见的，因为它不强调基因实际上存在于彼此离散的个体躯体内这一不可否认的事实,而是强调基因像液体一样在世界中流动的观点。

遗传漂变(genetic drift)
基因频率在世代间的变化，由偶然而非自然选择造成。
基因组(genome)
一个生物体所拥有的全部基因的总和。
基因型(genotype)生物体在某一特定基因座或一组基因座上的遗传构成。有时更宽泛地用于指代表型的完整遗传对应物。
宿主专一类群(gens,复数为gentes )
所有寄生于同一宿主物种的雌性杜鹃“种群”。不同宿主专一类群之间一定存在遗传差异，而这些差异被认为存在于Y染色体上。雄性杜鹃没有Y染色体，不屑宿主专一类群。这个词选得很糟糕，因为在拉丁语中，它指的是通过父系来追溯血统的氏族。
种系( germ-line )
也译“生殖细胞系”,指身体中以生殖副本的形式可能达成不朽的部分:配子和产生配子的细胞的遗传内容。与胞体(soma)相对,胞体是身体中终有一死的部分，起到保存种系中基因的作用。
渐变论（gradualism）
认为演化变化是渐进的而非跳跃的学说。在现代古生物学中，这是一个有趣的争论主题,涉及化石记录中的空白是人为的还是真实的问题(见第6章)。记者把这个问题放大成了一场关于达尔文主义正确性的伪争论，他们声称达尔文主义是一种渐变论。的确，所有理智的达尔文主义者都是极端意义上的渐变论者，他们不会相信，像眼睛这样，非常复杂于是在统计学上不太可能发生的新适应是从头开始创造的。这当然就是达尔文所说的“自然无飞跃”这句格言的含义。但是,在这个意义上的渐变论谱系内,对于演化变化究竟是平稳发生的,还是在长时间“停滞进化”的间歇中发生的小插曲,仍有产生分歧的余地。这正是当代学界争论的主题，但无论如何，它都与达尔文主义正确与否毫无关系。
群体选择( group selection )
一种假设的生物群体之间的自然选择过程。常被用来解释利他行为的演化。有时会与亲缘选择相混淆。在第6章中，我通过讲解复制因子与载具的区别来帮助读者区分利他性状的群体选择和导致宏观演化趋势的物种选择。
单倍二倍体（haplodiploid）
一种遗传系统，其中雄性由未受精卵发育而成。为单信体，而離性由受精卵发育而成，为二倍体。因此，雄性既没有父亲，也没有儿子。雄性将所有基因传给雌性子代，而雌性只有一半基因来自父代。几乎所有的社会性和非社会性膜翅目昆虫(蚂蚁、蜜蜂、黄蜂等)都会呈现单倍二倍性，也有一些臭虫、甲虫、螨虫、蜱虫和轮虫如此。单倍二倍体为遗传亲缘关系密切程度研究带来的复杂性被巧妙地运用于膜翅目昆虫真社会性的演化理论中。
单倍体(hapioid)
如果一个细胞只有一组染色体，就称其为单倍体。配子是单倍体，当它们在受精过程中融合时，便产生一个二倍体细胞。有些生物(如真菌和雄性蜜蜂)的所有细胞都是单倍体，因此被称为单倍体生物。
杂合子(heterozygous)
在染色体某个基因座上有不相同的等位基因的情况。通常指单个生物体的一个特定基因座上的两个等位基因不相同。更宽泛地说，它可指在个体或群体中所有基因座上加以平均的等位基因的整体统计异质性。
同源异形突变(homeotic mutation )
一种使身体的一部分以适合于另一部分的方式发育的突变。例如，果蝇的"触角足" (antennopedia )同源异形突变会导致果蝇在通常长触角的部位长出腿来。这很有趣，因为它显示了单一突变的力量，其可以产生精致而复杂的效应，但这种效应只有在已有复杂性可被改变的情况下才会产生。

纯合子(homozygous)
在染色体某个基因座上有相同等位基因的情况。通常指单个生物体一个特定基因座上的两个等位基因相同。更宽泛地说，它可指在个体或群体中所有基因座上加以平均的等位基因的整体统计同质性。
K 选择（K-selection）
对在稳定、可预测的环境中取得成功所需特质的选择,在这种环境中,在种群规模接近栖息地所能容纳的最大值的情况下，有条件竞争的个体之间可能会为有限的资源展开激烈竞争。有多种特质被认为是 K选择的有利条件，包括体型大、寿命长，以及后代少且得到精心照料等。与r选择相对。"K”和“”是种群生物学家惯用的代数符号。
亲缘选择（kin selection）
基因选择导致个体表现出有利于亲属的行为，因为亲属之间很可能共有这些基因。严格地说。“亲属”包括直系后代，但不幸而又不可否认的是，许多生物学家在使用“亲缘选择”一词时专指子女以外的亲属。亲缘选择有时也与群体选择相混淆，但两者在逻辑上是截然不同的，尽管当物种碰巧以离散的亲缘群体分布时，其附带结果是两者可能被归为同一现象——“亲缘群体选择”。
拉马克主义（Lamarckism）
不管拉马克实际上说了什么，拉马克主义现在已成为对某种演化理论的称呼,该理论依赖于后天获得性状可以遗传的假设。从本书的观点来看,拉马克理论的显著特征是，新的遗传变异倾向于“适应定向”，而达尔文理论认为遗传变异是“随机的”(即非定向)。如今的正统观点认为，拉马克理论是完全错误的。
连锁（linkage）
一对（或一组）基因座存在于同一染色体上。连锁通常是通过连锁基因座上的等位基因一起遗传的统计趋势来识别的。例如，如果头发的颜色和眼睛的颜色是连锁的，那么继承了你眼睛颜色的孩子很可能也会继承你的发色，而没有继承你眼睛颜色的孩子也很可能继承不了你的发色。孩子相对不太可能遗传一个性状，而不遗传另一个，尽管这可能由于交换发生，这种可能性与染色体上基因座之间的距离有关。这是染色体定位技术的基础。
连锁不平衡( linkage disequilibrium )
等位基因在一个群体的个体躯体或配子中与其他基因座上的特定等位基因同时出现的统计趋势。例如，如果我们观察到金发者有蓝眼睛的倾向，这可能表明了连锁不平衡。连锁不平衡可通过不同基因座上的等位基因的组合频率与群体中等位基因自身的总体频率的预期频率相背离的任何趋势识别。
基因座（locus）
一个基因(或一组替代等位基因)在染色体上所占据的位置。例如，可能有一个影响眼睛颜色的基因座，在这个基因座上，替代等位基因分别编码绿色、棕色和红色。基因座的概念通常应用于顺反子级别,也可以广延到更短或更长的染色体。

宏现演化(macroevolution)
针对在极大时间尺度上发生的演化变化的研究。与微观演化(microevolution)相对,后者是研究种群内部演化变化的学科。微观演化变化是指种群中基因频率的变化。而宏观演化变化粤通常被认为是一系列化石的总体形态学变化。关于宏观演化变化从本质上说只是微观演化变化的累积,还是两者“脱钩”并由根本不同的过程分别驱动,尚存在一些争议。“宏观演化论者”有时被误导性地局限于指称这场争论的某一方。这应该是一个中性的称呼,适用于任何在大时间尺度上研究演化者。
减数分裂（meiosis）一个细胞（通常是二倍体）产生子细胞《通常是单倍体）的一种细胞分裂方式，子细胞的染色体数量只有原先的一半。减数分裂是正常有性生殖的重要组成部分。它产生配子，后者随后通过融合恢复原来的染色体数目。
减数分裂驱动(meiotic drive)
等位基因通过影响减数分裂，使它们有超过 50% 的机会将自己纳入一个成功的配子中的现象。这类基因被称为“驱动”基因，因为它们倾向于在种群中传播，尽管它们可能对生物体产生有害影响。亦可参见“分离变相因于”词条。
迷因(meme)
也译“模因”“觅母”,文化遗传的一种单位,被假设为类似于固定基因序列，并且由于其在文化环境中生存和复制的“表型”后果而经历自然选择。
孟德尔遗传（Mendelian inheritance)
通过成对的离散遗传因子（现在被确定为基因）进行的非混合遗传，每对因子分别来自双亲。主要的对立理论为“混合遗传”。孟德尔遗传理论认为,基因对身体的影响可能会相互混合，但它们本身不会相互混合，而是完整地遗传给后代。
微观演化(microevolution)
参见“宏观演化”。
线粒体（mitochondria）
真核细胞内微小而复杂的细胞器，由膜构成，是为细胞提供大部分能量的生物化学发生场所。线粒体拥有自己的 DNA，并在细胞内自主分裂增殖，根据某种理论，它们起源于共生的原核生物的演化。
有丝分裂（mitosis）
一种细胞分裂方式，在这种分裂中，一个细胞产生具有其全套染色体的子细胞。有丝分裂是身体生长过程中常见的细胞分裂方式。其与减数分裂相对。
修饰基因（modifier gene）
一种基因，其表型效应是修饰另一基因的效应。遗传学家不再区分“主基因”和“修饰基因”这两种类型的基因，他们认识到许多(也许是大多数)基因都会修饰许多其他(也许也是大多数)基因的效应。

单系(manophyletic )
如果一群生物都来自一个共同的祖先，这个祖先也被归为这个类群的成员，那么这个生物群就被称为单系的。例如，鸟类可能是一个单系类群，因为所有鸟类最近的共同祖先可能已被归类为鸟类。然而，爬行类很可能是复系(polyphyletic)的,因为所有爬行动物最近的共同祖先可能未被归类为爬行动物。有些人还会争辩，复系类群不值得加以命名，爬行纲不应该被承认。
突变（mutation）
遗传物质发生的遗传变化。在达尔文的理论中，突变被认为是随机的。这并不是说它们不是正当发生的，而只是说它们没有朝着改进适应的方向发展的具体趋势。改进适应只能通过自然选择来实现，但后者需要突变作为可供其选择的变异型的最终来源。
突变子（muton）
突变变化的最小单位。基因的几种不同定义之一(还包括顺反子和重组子）。
新达尔文主义(neo-Darwinism )
这个术语是在 20 世纪中叶被生造出来的（实际上是二次创造，因为它在 19世纪80年代曾被用来形容一个完全不同的演化论者群体)。从达尔文自身的演化论观点来看,该术语旨在强调(在我看来是夸大)达尔文主义和孟德尔遗传学在20世纪20年代和30年代实现的现代综合。我认为对这种“新”头衔的需求正在消退，达尔文自己的“自然经济”方法现在看起来就非常现代。
幼态延续（neoteny）
身体发育相对于性成熟发育的一种演化迟滞，其结果是生物进行生殖活动时保持类似其祖先幼年阶段的形态,据推测,演化中的一些重要步骤,例如脊椎动物的起源，是通过幼态延续发生的。
中性突变( neutral mutation)
与等位基因相比没有选择优势或劣势的突变。从理论上讲，中性突变可能在几代之后变得“固定”(即在其种群中的基因座上占主导地位),这将是演化变化的一种形式。对于这种随机固定在演化过程中的重要性，学界存在合理的争议,但对于它们在直接产生适应方面的重要性则不应有争议:后一种重要性是零。
核苷酸（nucleotide ）
一种生化分子，以作为 DNA 和 RNA 的基本构件而闻名。DNA 和 RNA是多核苷酸，由长链核苷酸组成。核苷酸以三联体的形式被“读取”，每个三联体都是一个密码子。
个体发生（ontogeny）
个体发育的过程。在实际运用中，发育通常被认为在成体产生时便告终结，但严格地说，发育也包括后期阶段，如衰老。延伸的表型学说将引导我们将“个体发生”概念外推，以包括体外适应的“发展”，例如河狸水坝这样的非天然构造。
最适子(optimon)
自然选择的单位，在这个单位的意义上，适应可以说是为其利益而存在的。这本书的论点是，最适子既不是个体，也不是个体组成的群体，而是基因，或称遗传复制因子。但是，这个争论在某种程度上是语义争论，我用第 5 章和第6章的部分篇幅来解决这一问题。
定向选择（orthoselection）
在很长一段时间内，对一个谱系的成员进行持续选择，导致其朝着特定方向持续演化。可以在演化趋势中创造一种“动量”或“惯性”的表象。

越轨基因（outlaw gene)
一个在自己的基因座上受到选择的青睐，却对它所在生物体中的其他基因有有害影响的基因。减数分裂驱动就是一个很好的例子。
佩利的钟表（Paley's watch)
此处引用的是威廉·佩利(1743-1805)证明上帝存在的论点。钟表太复杂,功能太强大,不可能是偶然出现的:它本身就自带刻意设计的证据。这个论点似乎毋庸置疑更适用于生物活体,因为后者比钟表还要复杂。年轻的达尔文对此论点印象深刻。尽管他后来通过证明自然选择可以扮演塑造生物的“钟表匠”的角色,摧毁了这一论点中关于上帝的那部分,但他并没有破坏其基本观点——对复杂设计需要一种非常特殊的解释，这一点至今仍未得到正确评价。除了上帝，对小的遗传变异的自然选择可能是唯一有能力完成这项工作的推动者。
表型(phenotype)
也译“表现型”，生物体的显性特征，个体发育过程中基因与其所处环境的共同产物。可以说，一个基因在眼睛颜色上有表型表达。在本书中，表型的概念被“延伸”，包括基因差异在生物躯体之外产生的功能性重要后果。
信息素（pheromone）
一种由个体分泌，用来影响其他个体神经系统的化学物质。信息素通常被认为是一种化学“信号”或“信息”，是体内激素的类似物。在本书中，它们更多地被视为类似于某种操纵性药物的物质。
系统发生(phylogeny)
演化时间尺度上的祖先历史。
质粒（plasmid）
用于指代在细胞内但在染色体外发现的小型的、可自我复制的遗传物质片段,它是一组意义多少有些雷同的词中的一个。
基因多效性（pleiotropy）
一个遗传基因座上的改变可引起多种明显不相关的表型变化的现象。例如，一种特定的突变可能同时影响眼睛的颜色、脚趾的长度和产奶量。基因多效性可能是普遍规律,而非例外,而且从我们对发育发生的复杂方式的理解来看这也是完全可以预料到的。
多元论（pluralism）
在现代达尔文主义的语境中，指认为演化是由许多因素驱动的，而不仅仅由自然选择驱动的观念。其热衷者有时会忽视演化（基因频率的任何变化，很可能是由多元因素引起的）和适应（就我们所知，只有自然选择才能带来）之间的区别。
多基因(polygene)
一组基因中的一个，组中的每个基因都对—种量化性状产生微小的累积效应。
多态性(polymorphism)
一个物种的两个或多个不连续的形态同时出现在同一地区，其比例相差之大,使其中最稀有的形态无法仅仅通过反复突变来维持。多态性必然发生在演化变化的短暂过程中。通过各种特殊的自然选择,多态性也可以保持在稳定的平衡中。
复系（polyphyfetic)
参见“单系”词条。

预成论（preformationism)
与渐成论相对，是认为成体的形态已在某种程度上寄寓于受精卵中的学说。一位早期的预成论支持者认为，他可以用显微镜看到一个蜷缩在精子头部的小人。在第 9章中，该词用于表达以下观点：遗传密码更像一张蓝图，而不是一个配方,这意味着胚胎发育的过程原则上是可逆的,就像你可以根据一幢房子重现它的蓝图一样。
原核生物(prokaryotes)
地球上的两大生物类群之一(与真核生物相对),包括细菌和蓝藻。它们没有细胞核，也没有像线粒体这样的由膜包裹的细胞器：事实上，有一种理论认为,真核细胞中的线粒体和其他此类细胞器从起源上看是与真核细胞共生的原核细胞。
繁殖体(propagule)
任何种类的生殖粒子。当我们不希望对我们谈论的是有性生殖还是无性生殖，是配子还是孢子等问题做出明确说明的时候，便会特意用到这个词。
选择（r-selection）
对在不稳定、不可预测的环境中取得成功所需的特质进行的选择。在这种环境中，快速把握机会进行繁殖的能力至关重要，而在竞争中取得成功的适应价值甚微。多种特质被认为是r选择的有利条件，包括高生殖力、小体型和适应远距离传播。杂草及类似动物就是例子。与K选择相对。通常我们会强调，选择和K选择是连续体的两个极端,大多数真实情况介于两者之间。生态学家对riK 选择这个概念有一种爱恨交加的奇妙态度，他们经常装作对此不赞成，但却发现它不可或缺。
隐性(recessiveness)
与显性相对。
重组子（recon）
重组的最小单位。基因的几种不同定义之一，但与突变子一样。它尚未得到普及，可以在没有同时给出定义的情形下使用。
复制因子(replicator)
宇宙中任何被复制的实体。第5章包含了对复制因子的延伸讨论，以及主动/被动复制因子和种系/死路复制因子的分类。
生殖价(reproductive value）
人口统计学的专业术语，衡量一个个体未来(雌性)子代的预期数量。
分离变相因子(segregation distorter )
一个基因的表型效应是影响减数分裂，使该基因有超过50% 的机会最终进人一个成功的配子。亦可参见“减数分裂驱动”词条。
自私（selfish）
参见“利他行为”词条。
性染色体(sex chromosome)
与决定性别有关的特殊染色体。哺乳动物有两条性染色体,分别为X染色体和Y染色体。雄性的基因型是XY,雌性的基因型是XX。因此,所有卵子都携带一条X 染色体，但精子可能携带一条X染色体（这种精子与卵子结合会产生雌性后代)或者一条Y染色体(这种精子与卵子结合会产生雄性后代)。因此，雄性被称为异配性别，而雌性被称为同配性别。鸟类有一个非常相似的系统,不过雄性是同配性别(相当于XX),而雌性是异配性别(相当于XY)。性染色体上携带的基因被称为“伴性基因”。“伴性基因”有时会与“限性基因相混淆，后者是指在只能在两种性别中的一种中表达（不一定由性染色体携带）的基因。

躯体(somatic）
字面意义即身体。在生物学上，其用于指代身体终会衰朽的部分，与种系相对。
物种形成(speclation)
两个物种由一个祖先物种产生的演化趋异过程。
物种选择 (species selection)
认为一些演化变化是在物种或谱系层次上通过某种形式的自然选择发生的理论。如果具有某种特质的物种比具有其他特质的物种更有可能灭绝，那么就可能导致朝着有利特质方向发展的大尺度演化趋势。从理论上讲，这些物种层次上的有利特质可能与在物种内部选择中处于有利地位的特质毫无关系。我在第6 章中提出，尽管物种选择可以解释一些简单的主要趋势，但它不能解释复杂适应的演化(参见“佩利的钟表”和“宏观演化”词条)。这种意义上的物种选择理论源于与表现利他性状的群体选择理论相异的历史传统，我在第6章中对两者进行了区分。
停滞演化(stasis)
在演化理论中，指未发生演化变化的时期。亦可参见“渐变论”词条。
策略（strategy)
像“利他行为”一样,该术语被动物行为学家用于表达特殊意义,可以说具有一定的误导性,与它的日常用法相距甚远。它是借由演化稳定策略理论从博弈论引入生物学的。在该理论中,它基本上是计算机意义上“程序”的同义词,指动物所遵从的预编程规则。这个意思是准确的,但不幸的是,策略已经成为一个被滥用的流行词,现在则被肆意用作“行为模式”的时髦同义词。种群中的所有个体都可能遵循“人少则逃,人多则攻”的策略;观察者会观察到两种行为模式--逃跑和攻击，但他将它们称为“两种策略”是错误的：两种行为模式都是同一条件策略的表现。
存活值（survival value）
自然选择所青睐的特质的质量，也指某一特定行为对个体存活的价值。
共生(symbiosis）
不同物种的成员亲密地生活在一起（且相互依赖）的情况。一些现代教科书略去了相互依赖这一条，并将共生理解为包括寄生(在寄生中，只有一方即寄生虫,依赖于另一方,即宿主,而后者单独生活会更好)。这些教科书使用“互利共生” (mutualism)来代替上述定义下的共生。
同生物质（symphylic substance)
社会性昆虫群落寄生生物（如甲虫)用来影响宿主行为的化学物质。
目的性（teleonomy)
适应的科学。实际上，“目的性”就是被达尔文赋予价值的“目的论”(teleology),但数代生物学家都被教育要避免使用“目的论”,就好像它是拉丁语法中的一个不正确的结构一样,许多人更愿意使用前一种委婉的说法。对于目的性的科学将由什么组成,人们没有给予太多的思考,但它的一些主要关注点可能是选择单位，以及成本和其他完美化的斜约因素的相关问题。本书便是关于目的性的作品。
四倍体（tetraploid）
每种染色体有四组，而不是通常的两组(二倍体)或一组(单信体)的情况。植物的新物种有时是由染色体加倍形成的四倍体，但随后该物种表现得像一个普通的二倍体，它的染色体数量恰好是一个近缘种的两倍，因此在大多数情况下，出于方便考虑，可视其为二倍体。第 11 章表明，虽然个体白蚁是二倍体,但整个蚁丘可以看作四倍体基因型的延伸的表型产物。

载具（vehicle）
在本书中用于指代任何相对离散的实体,如个体生物,其容纳复制因子。并可以被视为一个被编程的机器，用以保存和传播寓于其内的复制因子。
魏斯曼遗传学说(Weismannism )
对可以不朽的种系和容纳前者的、必有一死的躯体加以严格分离的学说。尤指认为种系可影响身体形态，而反之则不然的学说。亦可参见“中心法则”词条。
合子（zygote）
由两个配子有性融合直接产生的细胞。