格奥尔格·威廉左右为难,拖延了好一阵子,才做出艰难的选择,决定加入皇帝的阵营。1635年5月,勃兰登堡与萨克森、巴伐利亚,以及许多其他的德意志诸侯国一起,在《布拉格和约》上签了字。作为回报,帝国皇帝承诺将会尊重勃兰登堡对波美拉尼亚公国继承权的主张。此外,皇帝还派出一支军队,协助勃兰登堡边区的防务,而格奥尔格·威廉则更是加官晋爵,获得了帝国军队大元帅的头衔——考虑到威廉在军事上毫无建树,这大元帅的头衔显得有些名不副实。为回报皇帝,选帝侯承诺征召2.5万名士兵,与帝国军队并肩作战。不幸的是,对勃兰登堡来说,由于在德意志的北方,势力的平衡又一次发生了改变,这个与哈布斯堡王朝的皇帝言归于好的决定来得很不是时候——1636年10月4日,瑞典军在维特施托克战役中击败萨克森选侯国的军队,瑞典人再一次成了“勃兰登堡边区的领主”。11
格奥尔格·威廉在位的最后四年一直都在设法把瑞典人赶出勃兰登堡;1637年3月波美拉尼亚公爵去世之后,控制波美拉尼亚同样成了威廉的重要目标。他虽然再三尝试,想要组建属于勃兰登堡自己的军队与瑞典人对抗,却只获得了一支规模极小、装备极差的部队。这支部队非但没能守卫国土,保护选侯国免遭瑞典军队和帝国军队的蹂躏,其中的一部分军纪较差的作战单位反倒加入了劫掠者的行列。瑞典再一次入侵勃兰登堡边区之后,选帝侯被迫踏上逃亡的旅途(在之后的历史中,勃兰登堡霍亨索伦王朝的统治者还会多次陷入相同的窘境),前往相对安全的普鲁士公国,于1640年在普鲁士离世。