我当时选择去设计院的原因就是想着能在研二把毕业论文结束，然后研三的时候安心找工作，但是现在这样的话我感觉可能到时候我正常毕业都毕业不了，所以很矛盾要不要回来

我也是研二今年7月去研究院实习，刚去头两个月也担心，虽然大论文没一点思路但是现在小论文搞完了，和你差不多也是用软件模拟的，也是国外的软件基本上没教程。我的意见是你可以看看你那边实习生之前做的课题，肯定会有很多实习生的，他们能帮助更好，先水一篇满足自己毕业的论文。至于你说的方向不符，其实这不是什么大问题，总能挨边的，加点自己专业方向的东西都可以，比如专业相关的软件、方法，土木方向很大的，环境和土木也能靠靠

我研三了说论文要重新写，一句话把我两年的心血干懵逼了，最后没办法找了学术机构一直辅导我到盲审通过

是这样的，研究生学校教的东西很多时候不是企业需要的，所以两者的脱节比较严重，除非你导师经常会从这些企业接项目来做，构成一套产学研的链条，否则仅靠两三个项目就想搞懂基本上是不可能的，到了企业之后还是要继续去学。
而且你的专业还是土木工程，土木这个行情咱们就不用多说了吧，效益还不错的设计院不太可能继续沿着单一土木方向去搞了，否则土木也不会一直寒冬下去的，可以说这对于你而言是好事，因为环境虽然是新的内容，但你可以以这个为出发点，看看自己的这个专业能不能跟环境稍微融合一下，就像现在计算机专业和很多其他专业融合的发展趋势一样，它要求的不再是单一领域的人才，而更加需要的全能型的人才。
至于你提到的毕业问题，我觉得没必要那么紧张，硕士毕业一般都没问题，至于跟导师那边怎么说你要想好，我觉得你可能有些着急，实习这种东西其实跟你写论文也没什么区别，都需要你耐心，就像你以后进单位了也会有一段成长时间和成长周期的，所以先不妨学一学，如果自己很努力也学不了了，我想你也不会纠结什么了，直接转换赛道就是。