司马懿平定辽东,曹睿加封司马懿封地昆阳,食邑二县,但没有官职升迁。司马懿在辽东招抚高句丽和慕容氏等部族,巩固和东北亚的各属国关系。司马懿回朝到河内时接到曹睿诏书,紧急入朝,曹睿病重对司马懿表示自己忍死相待希望把太子托孤给他,并立遗诏让司马懿和曹爽辅政,让新君封司马懿为大司马。郭太后摄政,司马懿名义获得大司马地位成为最高辅臣,但曹爽等以大司马历任都不祥而改任司马懿为太傅,虽然朝位仍在曹爽之上,但被剥夺行政权,仅保留和曹爽共任都督中外军事。司马懿让亲戚满宠为太尉,让好友黄权担任车骑将军,并特设开府让黄权担任,曹爽则拉拢贵族圈。公元239年,61岁。
司马懿虽然被剥夺行政权,但是他的亲信和盟友几乎遍布朝廷,所以也就采取退让和隐忍的态度,让曹爽自行专权妄为,司马懿则主要教导儿孙,培养和发现新的人才,避免和贵族圈冲突,提拔寒微邓艾、王基、州泰等,执行爱民政策,受到朝野拥护。公元240年,62岁。
司马懿教育皇帝是学儒学,这年曹芳就已经通论语。在吴国朱然等攻打曹魏时,司马懿敏锐发现众臣都懈怠畏战,鼓励群臣警示危险,亲自出征,在樊城击退吴军,斩获万余,缴获甚多。司马懿因功增封郾城、临颍二县,并前四县,达到万户,但仍比一万二千户的曹爽少。朝廷也觉得不妥而封司马懿子弟十一人为列侯。司马懿教导家人盛满者道家之所忌,要求家人儿孙要低调谦虚,尊敬乡人常林,驻防到淮北。公元241年,63岁。
司马懿在淮北修建广漕渠,连通黄河和汴水,并重用邓艾在淮北屯田,东部长期粮食不足的危机被解决,并且为以后战争囤积粮食和建立便捷的水路运输线。满宠去世,蒋济继任太尉。追封父司马防为舞阳侯。司马懿任命司马师担任中护军治理腐败,司马昭任洛阳典农负责生产屯田,积极备战备荒。司马懿认为吴军经常侵犯边界,应该及时反击,否则东部生产也难以稳定,所以决定南征。公元242年,64岁。
司马懿积极准备南征,朝廷则仍是畏战懈怠,多劝阻要放任敌军侵扰。司马懿提出攻其江北孤城,若敌弃城走是庙堂获胜,若坚守则围困,敌军要救援也只能脱离水军来陆战,这也能围点打援,发挥我军长处,也对我有利。所以帅军南征舒城等地,敌军放弃江北,诸葛恪退守江南。司马懿临江驻防,并且修建淮阳渠和百尺渠,扩大灌溉万顷,生产更加富饶。朝廷中曹爽则大肆铺张挥霍,给年幼的曹芳立皇后,并祭祀父亲曹真等老臣,排斥异己,对已故的三公贾诩、满宠、董昭、韩暨、陈矫等都不祭祀,魏国的朝政越来越腐败,贵族圈和事功派的矛盾逐渐增加,司马懿不得不回朝解决危机。公元243年,65岁。
司马懿从淮南回朝后,受到犒劳,但也没有任何封赏,曹爽见司马懿伐吴获胜,也想伐蜀,并且要亲自去,就是想控制更多军权,司马懿劝阻未果,让司马昭担任征蜀将军,和曹爽、夏侯玄等共同前往。曹爽把兵力都集中到骆谷,让司马昭担任先锋,粮运和军队混杂行动迟缓。司马懿在后方得知曹爽进兵情况后大惊,急忙写信示警:若蜀军从两侧山谷穿行截断魏军,那会全军危险。实际要是蜀军更积极地出斜谷和子午谷攻入关中,封锁骆谷北口,连关中都危险。司马昭任先锋最远打到兴势,也觉得危险,向夏侯玄示警,夏侯玄找到曹爽让他退兵,曹爽这才令后撤,但已经被部分蜀军截断,只能拼命突围争险夺路,靠司马昭在最前方用空营计牵制蜀追兵,才得以突围,丢弃了大部物资粮食,算上消耗的牲口和人员,是让关右悉虚耗,羌胡都怨叹,朝野都对贵族圈不满,这以后曹爽就只是纵情声色,专权内争,不再对外用兵不再推动统一。公元244年,66岁。
司马懿在这年患足疾,即使上朝,也是坐小车和轿子,他劝阻曹爽毁中护军的中垒和中坚二营,曹爽不从已经是公开夺司马师的军权,把司马师隶属的部队划归其弟,有些专权跋扈,曹爽对最近去世的三公崔林和赵俨都不祭祀,对事功派的元老和宫廷派的态度越来越傲慢,宫廷派中亲司马懿的孙资和刘放被司马懿提升为骠骑将军和卫将军,曹爽也只能默认,双方相互斗争基本成平局,虽然争斗不断,但仍维持表面的和睦。公元245年,67岁。
司马懿在吴军进攻汉水的中游时,劝阻曹爽不要让避难到沔北的百姓南返,认为那样容易被敌军劫掠,但曹爽不听,逼着百姓南还,结果被敌军攻破折损上万。司马懿平定的东北也发生动荡,高句丽脱离魏国,双方爆发战争。公元246年,68岁。
司马懿多次劝谏都被曹爽无视,加上嫡妻张氏去世,儿子被排挤,司马师被削减兵权,司马昭被贬为议郎,情绪低落而闭门养病,曹爽更加跋扈。曹爽在这年打击郭太后集团,把郭太后软禁在永宁宫,其党羽乱政,让洛阳人心惶惶。公元247年,69岁。
司马懿的亲信卫臻、孙资和刘放被曹爽解职,曹爽在打压外戚集团后,把攻击目标对准司马懿集团,此时蜀吴对曹魏再次开战,而且西北氐人也造反,曹爽却积极内斗把孙礼等赶出京城,孙礼见司马懿求他挽救朝廷危局,司马懿劝他暂时忍耐。曹爽把宫庭的才人做自己伎人,无君之心更甚,有危害社稷的图谋,只是担心司马懿,所以派人去查看,司马懿装病危让曹爽不再提防他,秘密和亲信准备推翻曹爽。公元248年,70岁。
司马懿利用曹爽外出祭祀游猎的机会,联络留守的太尉蒋济、司徒高柔、太仆王观等起兵控制洛阳城,司马懿救出郭太后,以太后令免除曹爽职务,并亲自帅军驻防河桥监视曹爽,先后派陈泰、许允、尹大目等招降,曹爽自知无力战胜又贪图富贵,归降。司马懿平乱让孙资和孙礼、何曾等旧部都复职,太尉蒋济去世,司马懿任命王凌为太尉,孙礼任司空,司马孚复职尚书令,司马师任卫将军,司马昭任安西将军立即前往去抗击蜀军援助关中,司马懿昼夜匪懈恤民为先,紧急投入挽救危局的工作。朝中的灭魏派和司马懿集团拥立他担任丞相和九锡,司马懿都拒绝,继续效忠岌岌可危的曹魏。公元249年,71岁。
司马懿任命孙资为骠骑将军,郭淮为车骑将军接任征西将军镇守关中。司马昭任安西将军支援关中节度众军击退蜀军,西北形势暂时得到稳定,转安东将军,镇守许昌,司马师封长平乡侯,胡遵调任镇守东部的征东将军。司马懿最年幼的两个儿子也被封侯,增加掾属。司马懿派亲信征南将军王昶击退吴军进攻,暂时挡住吴军。司马懿患病,天子亲自去府邸咨询,司马懿奉天子亲政。公元250年,72岁。
司马懿不顾病体,日夜操劳,身体越来越差。司马懿派王基和州泰抵抗吴军的进攻,最终在东西两线都恢复稳定。好友太尉王凌受迷信影响要另立皇帝,见司马懿病重难以行动,只能派众将出战,所以不听儿子劝阻积极准备起兵,被部下告发。司马懿拖着病体亲自帅主力前往,快速平定危机,避免了曹魏再次发生严重内战,但是病体操劳和好友背叛沉重打击了司马懿,他任命弟弟司马孚为太尉,准备让弟弟接替自己辅政,辞让相国和郡公,不久去世。司马师被群臣推举辅政,被降职抚军大将军,录尚书事。公元251年,73岁。