基因敲低和基因敲除是两种不同的基因工程技术，它们在目的、方法和效果上存在显著的区别。
基因敲低是通过人为方式干扰RNA，使得基因表达降低，进而让蛋白质无法正常工作，从而改变生物体的性状。这种技术并不涉及靶基因DNA遗传信息的变化，因此基本上是不可遗传的。常见的RNA干扰（RNAi）方法是通过抑制RNA转录或促进RNA降解来降低RNA水平，从而影响其翻译成蛋白质及抑制相关蛋白质功能。
基因敲除则是一种更为彻底的基因工程技术，它通过在基因或基因组水平上造成DNA突变或缺失，从而永久性地阻止靶基因的表达。这种技术利用锌指核酸酶（ZFN）、转录激活因子样效应物核酸酶（TALEN）和规律性间隔短回文序列重复簇（CRISPR）等方法进行基因/基因组编辑，实现对基因组上的目的基因进行突变、缺失或插入。基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子生物学技术，其效果通常可以稳定遗传给下一代。
在构建基因敲低或基因敲除的细胞系时，选择适当的方法和技术至关重要。例如，在构建基因敲除细胞系时，可以根据实验需求选择移码敲除或大片段敲除等方法。移码敲除可能导致不彻底的敲除效果，而大片段敲除则可以更有效地解决这一问题。同时，使用转座子系统构建敲除质粒，并通过电转等方式将其导入细胞，也是常见的构建方法。
总的来说，基因敲低和基因敲除在目的、方法和效果上各有特点，选择哪种技术取决于具体的实验需求和目标。同时，随着基因编辑技术的不断发展，未来可能会有更多新的方法和工具出现，为基因工程研究提供更多可能性。