慈禧杀害皇室成员的传闻很多，总结出各种传说居然有两帝，两后，一妃，一皇子。
首先是同治，以及其遗腹子和皇后。有一首诗：《咏同治皇后》
蕙质兰心秀并如，花钿回忆定情初。
珣瑜颜色能倾国，负却宫中左手书。
珣、瑜指同治皇帝的珣妃阿鲁特氏和瑜妃赫舍里氏。意思是珣、瑜二妃虽有倾国倾城之美貌，但在文才上却逊于善长左手写字的中宫皇后。
那位中宫孝哲皇后，就是慈禧一直非常讨厌的同治正宫皇后，她喜好文学，唐诗倒背如流。可是这么好的皇后，在同治皇帝大行之后不久，就莫名其妙的死了。
众人都说是慈禧所害。还有人说慈禧杀死孝哲皇后时，皇后尚有身孕。那么，这位遗腹子可能就是大清唯一的嫡系继承人。也就是未来的皇帝。
《崇陵传信录》载，一次阿鲁特氏去探望同治帝病，流着眼泪倾诉独处宫中、备受虐待之苦。同治帝安慰她说：“卿暂忍耐，终有出头日也。”小夫妻的这些话被尾随而来、在外偷听的慈禧听到了，勃然大怒，立刻闯进宫来，抓住阿鲁特氏的头发，一边打，一边往外拽，并扬言要备大杖伺候。病床上的同治帝欲救不能，眼睁睁看着皇后惨遭凌辱，又急又气又害怕，竟昏了过去。
如此说来，慈禧很可能导致了同治病情加重。那么同治的病死跟慈禧也有关。
然后就是东太后了，《慈禧外纪》载：当年咸丰临终时，曾秘密留下了一个遗诏给慈安，要她监督慈禧，若慈禧“安分守己则已，否则汝可出此诏，命廷臣传遗命除之。”但老实的慈安将此事告诉慈禧。阴险毒辣的慈禧听了，表面对慈安感泣不已，实际上已起杀机，遂借向慈安进献饵之机，暗下毒药，加以谋杀。另文廷工《闻尘偶记》却认为慈禧是因与人私通怀孕，事为慈安察觉，准备废掉慈禧太后称号，慈禧闻之，先下手为强，设计毒死了慈安。
再后来，光绪过继给慈禧，而慈禧把大清的另一个皇帝变成了瀛台之囚。最后，光绪在慈禧死第二天也死去，后人鉴定出砒霜中毒迹象。很多人猜测是慈禧的遗命。
当然还有那位被慈禧于西逃中杀死的珍妃。
算下来，居然有两帝两后一妃，一皇子，都疑似死于慈禧之手。