第一次打包，在不太了解的情况下做这种操作，要考虑一下留个备份的。

打包的时候，在桌面新建一个文件夹，输出位置就找到并选择这个新建文件夹，这样就可以把工程文件夹和游戏文件夹分割开来了。

现在，就看一下你的文件是覆盖了，还是合并在一起了。
看一下Project1文件夹里面的子文件夹，以及Project1文件夹的有没有兄弟文件夹。
正常情况下，好像是没有兄弟文件夹的，如果有，那就先把它拖到一边再来测试一下。
至于子文件夹，下面这个是没有打包时的情况。

下面这个是打包好上传的Steam，并且下载下来的情况。（打包好的那个已经删除掉了）

就是看一下你的Project1文件夹里面跟这两个截图有没有不一样的。
如果game.rmmzproject这个还保留下来的话，那应该就好办了。
把第一张截图之外的文件都拖到另一边，然后再测试一下。。尤其是Game.exe这个。

你是MV版吗？
下载软件有个软件文件夹，创建工程有个工程文件夹，打包游戏有个游戏文件夹。
RPG Maker MZ\newdata这里是创建工程时在这里复制内容的软件文件夹。
在这里是有“css”和“effects”的。
但是，听说MZ版跟MV版的区别之二就是图形上的矩形之类的东西（好像是CSS这里的东西）和动画效果（好像是粒子效果，就是这里effects的内容）。
MV版好像本来就没有“css”和“effects”这两个东西。

上面这张截图是MV版的游戏工程，留意一下Game.rpgproject，文件名不一样，长得也不一样。
你找到RPG Maker MV\NewData文件夹，看一下这个文件夹下面有没有RPGMV.exe，也是跟RPGMZ.exe文件名有点区别，长得也不一样。。试一下打开这个东西。
然后，你缺少什么东西，都可以先到RPG Maker MV\NewData这个文件夹的里面去找一找。

最后，要是你是MZ版的话，可以找一下有没有下面这个路径的文件夹。
RPG Maker MZ\dlc\SRPGgearMZ
到Steam搜索SRPG Gear MZ - Tactical Battle system可以免费下载一个游戏工程（里面的插件、素材或许也是免费可商用的）。
搜索ARPG plug-in set还能找到另一个游戏工程，下载后在RPG Maker MZ\dlc\ARPG plug-in set文件夹这里。
MZ版和MV版好像都有，在下载下来的文件夹里面有个样板工程文件夹（Sample Projects），进去找一找就能找到了。
找到之后，你不管是缺少“css”还是“effects”又或者是其他的东西，样板工程是一个完整的工程，这里都有。
MV版好像本来就没有“css”和“effects”。

@写给妖精的情诗
大佬，我是用的MV。我找了一下，发现我没有NewData，RPGMV.exe也没有。
以及我的Game.rpgproject、以及package.json的名字都是对的，只是图标显示是下图这样的

楼主还在吗，我也遇到了一样的问题，解决了吗