此次考察的直接目的是对西藏进行综合性的科学研究并希望以此为德国赢得学术声誉。考察的另一重要目的是对藏人进行人种学研究，并试图在喜马拉雅地区寻找原始雅利安民族的遗迹。希姆莱和他的人类学顾问们相信一个神秘学理论，即西藏是亚特兰蒂斯雅利安原始民族的避难地，那里保存着雅利安种族的原始秘密。
希姆莱要求，考察应该完全在德意志祖先遗产研究会的领导和组织下进行，指导思想也应是研究会所推崇的冰河世界理论。因此1937年10月制定的考察任务就已明确规定，“通过测量、特征研究、摄影和制模，研究当代(西藏地区)的人种学关系，尤其要收集与雅利安人种在这一地区的来源、意义和发展有关的材料。”
但舍费尔本人实际上并不想按希姆莱的冰河世界理论组织考察，他对神秘主义和纳粹人种学也不感兴趣，他的计划是围绕自己的专业动植物学对西藏进行总体考察。(14)真正配合希姆莱的想法，试图寻找西藏人身上雅利安人元素的是人类学家贝格尔。他曾经抱怨，舍费尔的考察计划并没有太多的西藏人种学研究的内容。
1938年1月，由于研究会领导人沃尔夫拉姆·西弗斯(Wolfram Sievers)认为，“此次考察的任务偏离党卫军帝国领导人(希姆莱)的目标太远，对他的文化研究理念帮助不大”(，研究会最终没有提供资助。为此舍费尔自己募集了考察费用，它主要来自德国经济广告委员会(2万马克)、德国科学紧急救助协会(3万马克)和民族社会主义工人党中央出版社(2万马克)。
美国人多兰也提供了一部分资金。希姆莱最后同意，考察可以不由研究会组织和领导，但前提是考察队成员都必须加入党卫军。希姆莱还命令，考察队使用的信笺题头应该是“德国恩斯特·舍费尔西藏考察”(大写)，小标题是“由帝国领导人希姆莱支持并与德意志祖先遗产研究会联合”(小写)
（但到达印度后这些信笺给考察队带来了麻烦，英印政府认为考察队有强烈的纳粹和官方色彩，因而在是否为他们入藏提供帮助问题上犹豫不决。为此，舍费尔不得不使用原来印制的仅带有“德国恩斯特·舍费尔西藏考察”题头的信笺