两兄弟缺乏协调和组织，其追随者的支持也不够热烈，这让哈里发 曼苏尔领导下的阿拔斯王朝得以迅速作出反应。哈里发遏制了穆罕默德在希贾兹的叛乱，并在易卜拉欣起义仅两周后就将其镇压，然后调兵遣将对付后者。易卜拉欣的叛乱在伊拉克南部取得了一些初步成功，但他的阵营因什叶派团体对战争的进行和未来的政治目标产生分歧而分裂。最终易卜拉欣的军队于 763 年 1 月在巴哈姆拉被彻底击败，易卜拉欣不久后因伤势过重而死。

632 年穆罕默德死后，在新生的穆斯林社区中，部分人人认为穆罕默德 ( Al Muhammad )家族是唯一合法的领导人，他们将得到神圣的指引，按照古兰经进行统治并伸张正义。人们对倭马亚王朝的不满日益高涨，这种情绪进一步激化，倭马亚王朝从 661 年统治至 750 年。最初，他们的情绪表现在一系列失败的起义中——最著名的是680 年的卡尔巴拉战役和 740 年的宰德·本·阿里起义——支持阿里家族各个候选人。阿里是穆罕默德的堂弟和女婿，也是第四任哈里发 (656-661 年在位)，他的去世标志着倭马亚家族的崛起。伊拉克尤其成为亲什叶派的支持中心。然而，阿拔斯王朝及其支持者哈希米派发动了推翻伍麦叶政权的革命。阿拔斯王朝通过穆罕默德的叔叔阿拔斯·本·阿卜杜勒·穆塔里布，以他们更大的穆罕默德家族的成员身份宣称拥有统治的合法性；与后来的什叶派教义不同，当时家族成员并不严格局限于阿里家族，而是包含整个哈希姆家族。740 年宰德失败后，阿里家族势力衰弱，呼罗珊众多阿拉伯定居者普遍反对倭马亚家族，阿拔斯家族利用这一机会，获得他们的支持，并确保了反倭马亚运动的领导权。尽管如此，在起义的初期，他们小心谨慎，不去激怒阿里家族的支持者，而只是要求推选一位“从穆罕默德家族中挑选出来的人”（al-rida min Al Muhammad）成为新的穆斯林领袖。

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阿拔斯王朝夺取政权后，试图通过荣誉和薪俸来确保阿里家族的默许。然而，一些阿里家族成员仍然反对阿拔斯王朝的统治，他们躲藏起来，再次试图煽动不满情绪反对新政权。其中最主要的是穆罕默德·伊本·阿卜杜拉和他的兄弟易卜拉欣。他们两人从小就被父亲培养成领导者，一些记录甚至声称，在阿拔斯革命前，744 年，他已经接受了哈希米亚领导人的效忠誓言，包括未来的哈里发曼苏尔（754-775 年在位）。穆罕默德因其高尚的品格常被称作“纯洁的灵魂”（al-Nafs al-Zakiyya ），但他也是“一个有点不谙世事，甚至有些浪漫的人”（休·N.肯尼迪），显然能力和学识不如他的弟弟易卜拉欣。阿拔斯王朝掌权后，两兄弟拒绝接受他们并认为是篡夺了他们的合法权利，于是躲藏起来。他们继续传教，据说他们最远传到信德，不过他们大部分时间都留在阿拉伯。第一任阿拔斯王朝哈里发萨法赫（750-754 年在位）对他们的活动置之不理，但他的继任者曼苏尔却对他们展开了追捕。 758 年，曼苏尔逮捕了他们的兄弟阿卜杜拉，因为他拒绝透露他们的下落。762 年初，他们的堂兄弟和侄子也遭逮捕。被俘的阿里家族被带到库法，在那里他们受到虐待，许多人因此丧命。

随着曼苏尔的迫害愈演愈烈，兄弟俩开始面临越来越大的压力。库法是什叶派的传统聚集地，受到阿拔斯政府的严密监视，两兄弟决定同时在巴士拉和麦地那发动叛乱。虽然什叶派可以依靠整个哈里发国的庞大同情者网络，但行动过于仓促，缺乏组织。

762 年 9 月 25 日，穆罕默德在麦地那宣布自己登基，令阿拔斯王朝总督里亚·伊本·奥斯曼措手不及。叛乱没有流血，穆罕默德很快得到了麦地那和麦加古老穆斯林家族的支持，但这场运动从一开始就注定要失败：尽管麦地那具有巨大的象征意义，但它几乎没有战略意义，当阿拔斯王朝立即切断了埃及为这座城市提供的粮食供应时，将其用作叛乱中心的错误就显而易见了。曼苏尔本人听到在如此偏远的地方发生起义的消息后松了一口气，他说他终于“把狐狸从洞里引出来了”。曼苏尔离开他监督修建的巴格达前往库法。在那里，他呼吁穆罕默德投降，并承诺大赦。这次提议的唯一成果是双方交换信件，这些信件被塔巴里保存了下来（尽管无疑经过了许多修饰） 。在信中，穆罕默德重申了他对领导穆斯林的主张，并强调他是阿里和穆罕默德女儿法蒂玛的后裔，他典型的什叶派理想是拒绝伍麦叶王朝的君主制传统（现已被阿拔斯王朝采用），而倾向于回归早期伊斯兰的简单习俗。曼苏尔则援引了前伊斯兰的继承传统，该传统认为男性亲属比女儿有优先继承权，这意味着哈里发王位是理所当然地传给了阿拔斯家族。

哈里发的侄子伊萨·本·穆萨率领 4,000 人进攻麦地那，但穆罕默德拒绝放弃圣城，坚持在那里迎战阿拔斯王朝的进攻。与此同时，他模仿穆罕默德的行动，比如修复城市周围著名的壕沟。然而，穆罕默德的支持者开始抛弃他。当伊萨出现在城市前时，他在壕沟前等了几天，并多次表示大赦。然后他的军队在壕沟上盖了几扇门，进入了麦地那，穆罕默德和他剩下的 300 名支持者于 762 年 12 月 6 日在那里战斗中阵亡。穆罕默德的尸体被斩首，他的头被送给了哈里发。

由于穆罕默德的仓促行动，易卜拉欣未能与其兄弟的起义协调一致，直到穆罕默德逝世前两周，即 11 月 23 日才宣布起义。易卜拉欣的起义一开始就取得了迅速的成功，控制了阿瓦士、法尔斯和瓦西特，据说他的军队登记册（ diwan ）上有 100,000 人。 当穆罕默德去世的消息传来时，叛军拥立易卜拉欣为他的继任者。易卜拉欣现在面临着一个选择：一群设法逃离库法的忠实什叶派支持者敦促他进军该城，而巴士拉人则倾向于留在原地并通过谈判达成解决方案。这种分歧表明易卜拉欣支持者之间的分歧很大。什叶派分裂为几个相互竞争的派别，他们有着不同的政治目标，而易卜拉欣只代表哈桑家族。侯赛因家族拒绝参加起义，而易卜拉欣与宰德派在从政治目标和领导到应遵循的策略或军队补给等所有问题上都存在分歧。其他地方对起义的支持都很谨慎，大多数什叶派支持者都采取观望态度，仅限于口头支持或捐款。

与此同时，曼苏尔更有效地利用了他的时间：他动员了叙利亚和伊朗的军队，并将他们带到了伊拉克，并从麦地那召回了伊萨·本·穆萨来领导他们。最后，易卜拉欣决定向库法进军，但在途中他放弃了这个计划并折返。然而，他没有返回巴士拉，而是在两座城市之间的道路上的巴哈姆拉扎营。1 月 21 日，易卜拉欣率领他的部队（因叛逃而减少到约 15,000 人）在那里与伊萨·本·穆萨率领的阿拔斯军队对峙。伊萨的先锋部队最初被击败，但战斗以阿拔斯的压倒性胜利而告终。易卜拉欣本人受了重伤，与少数支持者一起逃走了。他于 763 年 2 月 14 日因伤势过重去世，这标志着叛乱的结束。

穆罕默德和易卜拉欣起义失败并遭到残酷镇压后，什叶派遭到大规模报复，许多人被监禁或杀害，直到曼苏尔去世，马赫迪 (775-785 年在位) 开始再次尝试和解，但这一尝试在 786 年阿里德派再次起义后结束。 阿拔斯王朝与什叶派的关系仍然不太好：镇压时期（通常在亲什叶派起义之后）与相对宽容的时期交替出现。尽管马蒙(813-833 年在位) 在第四次暴动期间曾提名一位什叶派成员阿里·本·穆萨·里达（第八位伊玛目）为继承人，但此举并未得到贯彻。在马蒙继任者穆塔希姆的领导下，两个家族彻底疏远了。穆罕默德的儿子和兄弟中，许多人为了躲避阿拔斯王朝的迫害，逃到了哈里发国的偏远角落，他们在那里成功建立了地方王朝，例如穆罕默德的兄弟伊德里斯在摩洛哥建立了伊德里斯王朝，又建立了塔巴里斯坦的阿拉维王朝。