环境卫生工程乙级资质的办理过程中，主管部门会对申报材料进行详细审查，考察的重点主要包括以下几个方面：
企业法人资格与注册资本：
确认企业是否依法成立，是否具备独立的法人资格。
核实企业注册资本是否达到乙级资质标准要求的最低限额。
专业技术人员配置：
检查企业是否配备了符合资质要求的注册环保工程师、注册结构工程师、注册公用设备工程师等专业技术人员。
确认技术人员的职称、学历、工作经验是否达标。
评估技术人员的在职状态，确认其与企业之间的劳动关系。
技术装备与办公场所：
考察企业是否拥有必需的技术装备，例如CAD设计软件、实验检测设备等。
核实企业是否具备符合要求的办公场所，包括面积、设施和环境。
工程业绩：
审查企业近几年完成的环境卫生工程项目，包括项目规模、类型和质量。
检查企业是否有代表性的项目案例，特别是与环境卫生工程设计相关的业绩。
确认项目是否符合相关法律法规和行业标准。
财务状况：
分析企业的财务报表，评估其财务稳定性，确保企业有足够的资金支持项目运作。
确认企业是否有良好的财务记录和纳税记录。
管理制度与体系：
检查企业是否建立了完善的质量管理体系、安全生产体系、环保体系等。
评估企业是否具有有效的项目管理流程和内部控制制度。
合规性与信誉：
确认企业是否遵守了所有适用的法律法规，包括环保法规、建筑法规等。
查看企业是否有不良记录，如违法处罚、诉讼纠纷或重大安全事故。
申报材料的真实性与完整性：
核实所有提交的申报材料是否真实无误，是否存在虚假陈述或隐瞒事实。
确认申报材料是否齐全，符合规定的格式和要求。
现场核查：
在部分情况下，主管部门可能会安排专家对企业进行现场核查，以验证申报材料的真实性和企业实际运营状况。