反渗透膜的结垢是由难溶盐类随着进水浓缩成浓水产生沉积而引起的。在反渗透工艺中，因进水中的盐类浓缩，就可能超过溶解度上限而产生沉淀。在苦咸水中，CaCO3需要处理。在海水和苦咸水中，通过计算肯定反渗透浓缩后不会超过溶解度上限的盐类是BaSO4、SrSO4、CaF2、SiO2。
如果难溶盐超过溶解度上限，就需要采取以下一种或几种方法进行处理：
1、降低脱盐率；
2、用离子交换软化去除Ca2+；
3、用加酸除去碳酸根和重碳酸根；
4、加反渗透阻垢剂。