食品饮料无菌洁净室能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰，包括厂区的外部环境也要充分考虑。食品/饮料无菌洁净室的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成（包括生产、分拣、烘焙、灌装、包装等环节）。
食品厂洁净车间的分区：
合景净化工程公司工程师说，一般食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。
一般作业区（非清洁区）：一般的原料、成品、工具储存区域，包装成品转运区域等原料、成品裸露风险较低的区域，如外包装室、原辅料仓库、包装材料仓库、外包装车间、成品仓库等。
准清洁区：要求次之，如原料处理、包材处理、包装、缓冲间（拆包间）、一般生产加工间、非即食食品的内包装间等成品处理但不直接裸露的区域。