自宋代以来，许多学者对《古文尚书》的真实性持有怀疑态度。吴才老指出，古文的文风流畅易读，与伏生书中的晦涩难懂形成鲜明对比，这种矛盾让人难以理解。朱熹则认为，既然壁中之物能数百年不受损，为何文字会有讹误？伏生所传之书难以理解，为何他偏偏只记得难懂的部分，而易于理解的部分却完全没有记忆？此外，孔安国的《书传》被怀疑是魏晋时期的人伪托孔安国的名义所作。还有观点认为，孔安国的序言和正文都不像是西汉时期的作品，更像是与《孔丛子》同一时期的作品。针对这些质疑，有三点可以进行解释。首先，关于古文《尚书》之所以易读的原因，其实早已在《史记·儒林传》和孔安国的《书序》中有所说明。孔安国并不原本就懂得古文，而是通过对照伏生所传的今文《尚书》，逐渐揣摩并理解了古文的意义。因此，今文中没有的内容，他就利用已知的古文字符进行补充，其间难免有些地方需要依据文义进行连贯性的解释。这就导致了古文《尚书》与其它古籍引用的《尚书》文本存在差异，并非完全是原始的科斗文字，而是经过翻译和润色的结果。其次，对于吴草庐所提的怀疑，他认为梅赜增添的二十五篇，文体一致，像是出自同一人之手。对此，有观点认为这些篇章是从各书中摘录拼凑而成，但若真如此，为何不将《孟子》等古籍中明确引用的《尚书》内容也包括在内？而且，古代文献如《左传》、《国语》等也大量引用了《书》，为何这些内容也不被纳入？这显然与事实不符。最后，关于伏生书的可信度，有人认为伏生是以回忆的方式口授《尚书》，难免会有遗忘、语音混淆甚至传述错误的情况发生。这表明即便是今文《尚书》，也不一定完全保留了孔子时代的原貌。