改革新疆的行政管理制度,实行军府制,于乾隆二十七年(1762年)设置伊犁将军,统辖天山南北军政事务。下属有乌鲁木齐都统,喀什噶尔参赞大臣,塔尔巴哈台参赞大臣,以及各城办事大臣、驻防大臣、领队大臣等,总计大小官员千四百余员;实行“因俗习为治”的统治政策;除在汉族聚居地区陆续设置州县等行政管理机构外,对厄鲁特蒙古以及吐鲁番、哈密地区的维吾尔族实行原有的扎萨克制,在南疆维吾尔族地区仍实行传统的伯克制,使厄鲁特、维吾尔族中的上层贵族,仍然享有很高的社会地位和经济特权,以得其“辅佐”之力。但是,把他们变成可由清政府随时任免的官员,不准世袭,取消了其政治上的独立性。这是清代治理新疆的一个关键性措施,对于防止少数民族上层分子可能发生的分裂叛乱,从而保证国家的统一,有着深远的历史意义。同时,不改变其“衣冠制度”和固有的宗教信仰,以收其心,加强边防,清政府从各地抽调军队万九千余名驻守新疆。又在沿边设置卡伦(哨所),派官兵定期巡查,组织了一套严密的防御体系,“以防患于末然(2)”。