大致分四个阶段：
第一阶段：遂宁西站油库专用线还建，拆粮库专用线煤专线等，对客运影响较小；
第二阶段：使用老站房以及现有地道，在一二站台上落客；实施既有二站台北侧高架站房工程。
第三阶段：通过老站房及既有东端地道进出站，既有一三站台上落客；还建车站达州端的达成铁路上行线，拆除既有达成铁路上行线；实施既有二站台南边缘至三站台边缘的高架站房工程。
第四阶段：仅在三站台上落客；原6道、9道启用做达成线临时正线，限速45km/h通过，在这一时段对客运影响最大。