胸腔镜微创手术的常见副作用包括手术部位疼痛、局部淤血或水肿、肺部感染、肺部气胸、呼吸困难、出血、感染等。罕见的副作用包括胸膜炎、心律失常、器官损伤等。副作用的严重程度和发生率受多种因素影响，包括手术类型、患者整体健康状况和手术操作技巧。术后应密切关注并遵循医生的建议。