几乎所有的膜系统在停机保存前应进行一次化学清洗，当了解到膜元件已经存在污染时，先清洗后保存就更为重要。典型的清洗顺序如下：以pH＝11 的温和碱性清洗液清洗2 小时，然后进行杀菌和短时酸洗。如果原水中不含结垢和金属氢氧化物成份，可以不进行酸性清洗。
清洗和杀菌之后，按如下步骤在10 小时之内进行保存：
1) 赶走压力容器内的空气，将元件完全浸泡在1~1.5%(wt)亚硫酸氢钠保护溶液中。为使系统内的残留空气最少，应采用循环溢流方式循环亚硫酸氢钠保护液，使最高压力容器开口处产生亚硫酸氢钠保护液的溢流。 2) 关闭所有阀门，使系统隔绝空气。否则，空气将会氧化亚硫酸氢钠使保护液失效。
3) 每周检查一次保护液的pH 值，当pH 低于3 时，更换保护液；
4) 至少每月更换一次保护液。
在停机保护期间，系统必须处于不结冰状态，系统环境温度不得超过45ºC（113ºF）。低温条件有利于停机保护。