根据《初步设计》,南京北站站场东西向长710米,南北向长637米,站房共设6层,包括地上4层和地下2层,自上而下依次是高架候车层、国铁站台层、国铁出站层、城市通廊层、地下一层和地下二层。
“南京北站以上进下出基本站型为主,打造多点进站、集中出站的立体交通模式。”江北新区枢纽办规划与国土部副部长张勇介绍,地上4层就是进站层,布置高铁候车厅、城际候车厅、普速候车厅、进站广厅和高架落客车道;地上3层是站台层,布置侧式进站广厅、要客候车室和国铁站台;地上2层和1层都是出站层,其中地上2层布置国铁出站厅、中转换乘通道和铁路自营车场,平接南广场地面,地上1层布置城市换乘通道、国铁快速进站厅、公交出租社会车辆等市政配套车场,平接北广场地面;地下1层布置地铁换乘站厅、地铁3号线、北站快速路以及网约车场和人防空间;地下2层布置地铁4号线、15号线、18号线、S4号线四线站台。