剧场版搬出了久违的“黑暗组织”，上一次出现是第5部《天国的倒计时》。今次的故事剧情主要讲述以东京为中心，发生了6件大范围的连续杀人事件。
除了目暮警官、其他各县的**们，还有小五郎都参加了搜查会议。在机缘巧合之下，柯南偶然发现从会议场溜出的一位**乘上了一辆跑车。柯南瞬间愕然，“那辆车…。难道，是琴的！！”这毫无疑问是“黑暗组织”中的一人乔装打扮进入会议场地，然后乘坐琴的跑车逃走。连续杀人事件的凶手毫无疑问是“黑暗组织”的人。故事在此刻一触即发！如果工藤新一还活着的事被琴知道了，不仅是新一，和他有关联的柯南和其朋友们也会被抹杀掉。知道事情的极度严重性后，柯南开始了单独搜查。
