不遵守交替通行规定是否会扣分，取决于具体地区的规定。在杭州，如果不遵守交替通行规定且没有造成事故，可以“首违不罚”，即不会扣分，但会面临100元的罚款。然而，在深圳，违反交替通行规定可能会被罚款300元，并且如果一年内同一车辆驾驶人出现三次违反交替通行规定的行为，从第三次开始，每次罚款将增加到500元。其他地区如北京和上海也有不同的处罚标准，上海甚至在某些路段安装了电子警察来抓拍违反交替通行规定的行为。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，机动车驾驶人违反道路通行规定，可能会被处以警告或者20元以上200元以下的罚款。具体的罚款金额和是否记分，需要根据当地交通管理部门的规定来确定。因此，如果您所在的地区对不遵守交替通行规定的处罚包括扣分，那么您可能会因此受到扣分。如果您不确定具体的处罚标准，建议咨询当地的交通管理部门以获取准确信息。