当年能做海外市场的游戏开发公司少之又少，大多数游戏都是在本地发行。基本上日本、大陆和台湾是一个系统，欧美是一个系统，绝大部分游戏会有显著的地域隔阂。现在看到的许多所谓“美版”ROM其实是2000年以后用日版ROM民间英化的。
但是，当年确实也是有一些游戏同时发布美版和日版的。一般来说日版品质大于等于美版，因为美版NES的卡带和机器性能都略逊于日版FC。
你可以看下这篇知乎文章
https://www.zhihu.com/question/25496552

赤色要塞，绿色兵团。美版就是常见的那个，日版只有磁碟机，画面和内容都有缩水

除了像赤色要塞日版没发售在FC卡带上，但磁碟机因容量问题缩水的外，还有一种是在美版发售较晚所以比日版好的，比如勇者斗恶龙1、2，相比日版，几呼等于重制。因增强芯片问题，很多游戏进不了美版，但也有美版独占日版老FC红白兼容不了的，比如魂斗罗力量。

我就知道好多米版游戏卡没有特殊芯片,转成用普通mmc芯片,于是在画面音乐等效果上就要逊色于日版

最终任务，也叫空魂
日版是命数制，增加命数只能靠分数，挨打会掉武器，僚机未固定的时候位置可控，出于难度考虑，关卡顺序被调整过，按照剧情应该先打宇宙电梯再打大战舰，日版反过来了
美版是血量制，游戏中有增加血量的R道具，挨打武器不消失，但是人物被卡板会直接卡死，僚机未固定的时候会一直动，需要你自己找时机固定位置，关卡顺序未调整
就难度来说美版要比日版更人性化，难度也低

忍者神龟1美版和日版也不一样，日版操作性更多

忍者龙剑传3的美版远远好于日版，美版是3的真正形态。