微波灭菌器的原理是利用微波的电磁场与物料中的水分子相互作用，使水分子产生高速旋转和振动，从而产生热量，使物料内部的温度迅速升高。在高温下，细菌和微生物的蛋白质会发生变性，失去生物活性，导致死亡。同时，微波还能破坏细菌和微生物的细胞壁，使其内容物外泄，进一步加速细菌和微生物的死亡。