基质参数包括基质的形状、粒径等，这些参数要结合纯化方面的具体需求进行选择。
以应用最广泛的硅胶基质为例，应用于制备纯化方面的硅胶基质通常分为球形和无定型两种。无定型硅胶价格低廉，是初步粗纯的首选。与无定型硅胶相比，球型硅胶优势非常明显，具有以下优点：颗粒均一性好，装填后柱床稳定不容易塌陷，多路扩散效应低，柱效高，分离度好。但其价格稍微昂贵一点，一般应用在精制纯化阶段。
基质粒径大小直接影响柱效和分离效果，越小的粒径所能达到的柱效越高，而选择粒径要具体看样品的分离状况，毕竟制备要考虑成本问题，越小粒径的固定相价格越昂贵，为了达到最好的柱效通常越小粒径选择的线流速就越大，所以背压越高，对仪器要求也高。一般粗纯的时候多选择大颗粒固定相，而当样品附加值高，要求高纯度和高得率的情况下，大多选择小粒径固定相。所以选择固定相粒径要从成本、样品以及纯化设备参数等方面综合考虑。
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