鼠疫杆菌进入真皮层后，其外膜覆盖的脂多糖会吸引免疫细胞的Toll样受体，一旦结合成功，就会引发炎症反应。但是鼠疫杆菌在37℃下脂多糖会由六酰化转变为四酰化，从而难以被识别。逃过免疫监控的鼠疫杆菌开始在伤口处血液疯狂繁殖。一段时间后，鼠疫杆菌的扩张触发了补体系统，补体系统开始生产补体蛋白来杀死鼠疫杆菌。但是鼠疫杆菌的核基因中自带的Ail蛋白，会有效分解补体蛋白，免疫系统的第一轮进攻失败。
补体系统的启动同样引来了巨噬细胞，巨噬细胞开始海量吞噬鼠疫杆菌，并释放细胞因子引起炎症反应，减小周围微小血管的血流量，封闭战场来了一招瓮中捉鳖防止鼠疫杆菌的逃窜；同时释放趋化因子，引来中性粒细胞释放α防御素，高效杀灭鼠疫杆菌。一番炫酷的打击之下，10％的鼠疫杆菌被消灭。
为了躲避免疫细胞的追杀，鼠疫杆菌的Ppcp1质粒会表达纤溶酶原激活物，磁吸和切割细胞膜，躲进周围细胞中。这时，自然杀伤细胞出场，鼠疫杆菌连同被感染细胞一起被杀死。此时免疫系统暂处上风。
然而这时，转折点出现了。鼠疫杆菌特殊的的脂多糖会与巨噬细胞的C型凝集素受体结合，促使巨噬细胞吞下鼠疫杆菌，同时鼠疫杆菌自带的ripA基因会抑制巨噬细胞的杀菌过程。巨噬细胞消化不了鼠疫杆菌便会向淋巴结跑去，进行抗原呈递并激活特异性免疫。这正中了鼠疫杆菌的圈套，鼠疫杆菌的目的地就是淋巴结。
在即将到达淋巴结时，鼠疫杆菌终于放了大招--pCD1质粒表达的三型分泌系统。这个三型分泌系统分为V抗原和六种毒性蛋白，相当于一个注射器。V抗原是针头，将会精准对接到目标细胞膜的甲酰肽受体1上，并向细胞内注射毒性蛋白，毒死免疫细胞。到达淋巴结后，巨噬细胞被杀死，鼠疫杆菌鱼贯而出并散步在淋巴结中，疯狂攻击淋巴系统并逼迫其释放趋化因子引来更多的巨噬细胞。利用巨噬细胞的迁移特性，鼠疫杆菌很快扩散到了全身淋巴结中。与此同时，埋伏在淋巴结的鼠疫杆菌会向其他免疫细胞发起进攻。毒性蛋白中的YopE和YopH会使中性粒细胞丧失进攻能力，YopM会杀死自然杀伤细胞，并且会抑制树突状细胞的细胞骨架重组，阻止其激活特异性免疫。到此为止，你的免疫系统被彻底瘫痪。
鼠疫杆菌的第三个质粒:pMT1，会表达F1荚膜，一定程度上削弱了攻击性，但是防御力会因此大增，鼠疫杆菌会逐渐转变策略，全力繁殖，使淋巴系统崩溃，并大量入血。
进入血液后，腺鼠疫会转变为继发性败血性鼠疫，鼠疫杆菌在循环系统中释放大量毒素使你的全身器官衰竭，并导致出血和坏疽。一旦进入这个阶段，你的生命基本进入倒计时。
然而，约有50％的人，在鼠疫杆菌全面进入循环系统之前，残疾的树突状细胞仍然坚持不懈，成功到达淋巴结激活特异性免疫。一旦特异性免疫启动，鼠疫杆菌就无回天之力了。因此，在未经治疗的情况下，腺鼠疫的死亡率在40％-60％。但是，肺鼠疫和败血症鼠疫，因为病情发展特别快，特异性免疫来不及启动宿主就已经不行了，所以死亡率在90％-100％。
俗称黑死病的鼠疫，在近些年仍然能够散点传播并导致死亡，所以大家见到老鼠跳蚤和旱懶还是离远点吧~
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