故事是从四方田千纱的自杀拉开序幕的。四方田千纱自杀的时候，她说：像我这样的人，原本不应该存在在这个世界上。苍岩玲音在之后做出了证明。她自杀后，作为她的同学陆续收到了死者的电子邮件。在同学间引起了惊恐和骚动。苍岩玲音此之前一直从来没有注意过或者说刻意逃避的问题——生与死，便骤然展现在她眼前。她问四方田千纱：可是，为什么要死呢？四方田千纱回答：生和死，其实都是一样的。没有什么不同。人不需要肉体。在四方田千纱自杀风波过后，玲音就好象一个被激活了的程序，突然间开始意识到自己或者说自我也就是本我实体的存在。她逐渐发觉这个世界有点异样。或者说她自己有点异样。普通的学生，在上学的路上被陌生人监视，在学校的走廊里，看见非实体的人类依稀的身影在闪动。她惊恐的发现，她可以左右周围世界的环境，看见未发生过的事件。比如在上学的火车上，很吵，她心里默默的而厌烦的念到：能不能安静一点？结果整个列车骤然安静下来，所有人都在惊讶的看着她。
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这些细微的变化使玲音感到非常恐惧，她的好友艾丽斯更告诉她，在夜晚的一家DISCO里，看见另一个玲音。可是玲音却是一个相当自闭的人，晚上根本不会上那样的地方。渐渐的，她发现自己即使在没有借助电脑等工具的情况下，竟然也可以连上互联网。这些变化使她不得不去寻找原因。在追寻最终真相的过程里，她一步一步的接触到了这个互连技术的创始者——被称为“神”的英利正美。以及控制这个网络的集团——“武士”。原来是“武士”集团创造了另一个玲音，她生气的摧毁了这个集团，可是，为什么“武士”要复制玲音，不复制其他人呢？玲音痛苦的问到：我是谁？我是什么？我以什么方式存在？英利正美告诉她，她不是一个实际意义上的人，不过是一段由他编写出的程序。玲音对这个真相感到异常的痛苦。虚假的父母，姐妹，虚假的生活，虚假的同学。可是这一切在玲音的记忆中都这样真实的存在着。英利正美于是说到：记忆不过是一个记录，如果记录上没有，事情就等于从来没有发生过。这等于说，人类识别世界的重要依据——记忆实际上本身便不是真实的！因为它既然可以擦掉，当然也可以写入。那么什么才是最终的真实呢？
玲音发觉自己能够随意的改写别人甚至整个世界的记忆，因为这个世界上的人从古到今，便通过各种方式相互的联系着，维护这个联系的系统，叫做“集体意识”。只要能进入这个系统，便能任意修改别人的记忆。改写记忆，擦掉痛苦，留下幸福和美好的回忆，那么整个世界便都快乐了。玲音改写了所有人的记忆，被死亡和恐惧围困的城市，一下子又平静了。玲音的世界里，好象从来不曾存在过四方田千纱，也没有四方田千纱的自杀一样。世界平衡了吗？但是，连玲音自己都不知道为什么，她偏偏留下了艾利斯的记忆。拥有唯一完整记忆的艾利斯来到玲音家里，哀求玲音让她忘掉那些痛苦的记忆。可是作为唯一知情的人，应该是另一种幸福啊。玲音迷茫的看着艾利斯，因为她喜欢艾利斯，这才让艾利斯的记忆保持完整，为什么会痛苦呢？这时候英利正美出现了，他说既然玲音这么喜欢艾利斯，为什么不让艾利斯连接上玲音呢？玲音对英利正美说，你并不是神，因为“集体意识”本来就是存在的，在英利正美没有存在之前，便已经存在，这个系统只不过是英利正美发现而不是他发明出来的。这个世界上就算有神，也不是英利正美，他不过是一个代理——神的代理。也就是说，现在，便是她取代这个位置的时候了。英利正美异常恼怒，企图把玲音和艾利斯一起杀死，但是，反而被玲音消灭了。艾利斯在目睹这一恐怖的过程里，被吓晕过去。玲音看着在怀里不省人事的艾利斯，终于明白了：对于普通人来说，一些事，是不需要知道的，现实的最终真相，对于他们的生活而言，其实根本就没有意义！她终于明白，像她这样的人，实际上真的并不需要存在于这个世界上！这也就是为什么四方田千纱自杀的原因了。或者四方田千纱根本没有自杀，不过清洗了系统，把自己从这个世界中超脱出去了。
知道了这点之后，玲音痛苦的“重启了系统”。这个世界从最开始的那一个早上又从新开始了。但是玲音突然发现：这个从新开始的世界，这个记忆从新开始记录的世界，已经没有人记得她了。却只有在这样的情况下，玲音才真正看见了另一个自己，那一个一直在传说中存在却从来没有相遇过的“自己”。“她”对玲音说：实际上玲音是哪里都不存在的，玲音只能够看着！玲音再次迷茫了，她以为她找到了真相，却一直以来还不过是在真相的边缘游离而已，她愤怒的说：玲音是唯一的，我就是我，你不是我！于是那一个玲音忽然消失了。整个世界也消失了，最初的问题，仍旧得不到答案：我是谁，我是什么样的存在，我究竟是什么？在绝望当中，她看见了父亲，她和父亲坐在一张桌子的两对面。父亲对她说到：这一切，不就是你自己所想希望得到的吗？这一切，难道不就是玲音希望的吗？玲音失声痛哭起来。
