通常来讲，自然资源资产清查工作内容包括以下六个阶段：
第一阶段为收集基础数据阶段，在全国范围内统一收集全国公共自然资源资产，包括海洋资源、水资源、森林、草场、矿产等自然资源的分布、区域分布特征、资源量及其变化情况、权属情况、确认年份等基础数据，以已有各类专项调查数据为基础，收集反映各类自然资源资产特征的数据；
第二阶段为自然资源清查数据整理填报阶段，工作重点是针对收集的各类数据进行检查、转换、提取及整合等处理，最后再建立索引并一一录入数据；
第三阶段为自然资源清查成果核查与汇交阶段，即对上阶段整理填报的数据进行核查补充，最后逐级汇交，形成全民所有自然资源资产清查的数据库；
第四阶段为全民所有自然资源资产清查数据成果统计与分析应用阶段，旨在通过清查数据分类型、分政区统计及多尺度、多视角分析，实现自然资源资产的保值增值及高效利用；
第五阶段为自然资源清查数据成果展示阶段，将收集到的基本数据、空间分析数据和治理数据进行整合，将其存储成自然资源资产数据库，为行使自然资源资产所有者权益服务；
第六阶段为撰写报告阶段，根据数据库的数据和研究分析的结果，撰写自然资源资产清查报告，尽可能详细地描述自然资源总量、分布、变化情况以及不合法事件的发现、管理监督资产清查启动。