船舶电子电气工程通常被归类为电气工程专业的一个分支。因此，如果你已经获得了船舶电子电气工程的学位或相关专业背景，那么在考研时选择电气工程方向应该不算跨专业。然而，具体是否算作跨专业还需要根据你所报考的学校和专业的规定来确定。建议你在考虑考研前仔细阅读招生简章并咨询相关学校的招生办公室以获得更准确的信息。