大出挑落客雨棚、外挂宽窄变化的横向流线型铝板分隔，自然映衬出菏泽特产——牡丹“盛世花开”之意；整体舒展的内凹形态，表达了“好客山东，拥抱未来”的情怀。多重意象的抽象表达，营造出“生命之泽、牡丹之都、迎八方客”的主题特色。项目采用“上进下出+差异化流线+便捷换乘”的全方位立体流线，有效缩短旅客步行距离，强调换乘效率。

菏泽东站结构设计主要创新点体现在：
● 屋盖结构采用国内外首创的横向上下弦均为三角形立体桁架的变跨度异形空腹拱桁架、纵向为锯齿状平面鱼腹式桁架组合的结构体系，建筑形态、采光和结构合理受力高度统一。
● 落客平台雨棚采用弧形钢桁架与钢箱梁相结合的屋盖结构形式。
● 承轨层结构采用“钢骨混凝土柱＋双向预应力混凝土箱型框架梁+现浇混凝土板”结构体系。（该结构体系于2009年在郑州东站承轨层设计中由周德良在国内外首次提出并加以应用，经济效益和社会效益明显）
● 在国内大型高铁站房中首次采用高强预应力管桩。