拉妖上位后开始搞独裁,弥赛亚一炮平了奥布,卡嘉丽当即阵亡。此时在宇宙的阿斯兰逃过一劫,闻讯暴怒,单机突入拉妖旗舰2887,飞鸟露娜等二流驾驶员全灭,基拉昏迷不醒,阿斯兰下落不明。于是拉妖把基拉回炉重造,洗脑后驾驶新一代自由高达血洗地球圈。后阿斯兰召集义士反抗扎夫特暴政,后不幸被伊扎克逮捕发回plant审判。期间阿斯兰侥幸逃脱,抢夺拉妖座机“最终决战强人号”大闹殖民卫星,后与基拉二人展开最后决战。影片的最后,基拉见到奄奄一息的阿斯兰,瞬间思绪万千恢复记忆,突然回手一枪,直接击毙拉克丝。与此同时,自由高达上的某种黑科技被无意间触发,散发出某种能量,与宇宙生物产生共鸣,引来大量宇宙鲸鱼,其特殊的生物电场导致战争无法继续。最后,基拉埋葬昔日好友隐居地球圈,同时宇宙鲸鱼等未知生物改变世界格局,人类全体进化(类似爆种的能力),不再互相争斗。全剧终