拉妖上位后开始搞独裁，弥赛亚一炮平了奥布，卡嘉丽当即阵亡。此时在宇宙的阿斯兰逃过一劫，闻讯暴怒，单机突入拉妖旗舰2887，飞鸟露娜等二流驾驶员全灭，基拉昏迷不醒，阿斯兰下落不明。于是拉妖把基拉回炉重造，洗脑后驾驶新一代自由高达血洗地球圈。后阿斯兰召集义士反抗扎夫特暴政，后不幸被伊扎克逮捕发回plant审判。期间阿斯兰侥幸逃脱，抢夺拉妖座机“最终决战强人号”大闹殖民卫星，后与基拉二人展开最后决战。影片的最后，基拉见到奄奄一息的阿斯兰，瞬间思绪万千恢复记忆，突然回手一枪，直接击毙拉克丝。与此同时，自由高达上的某种黑科技被无意间触发，散发出某种能量，与宇宙生物产生共鸣，引来大量宇宙鲸鱼，其特殊的生物电场导致战争无法继续。最后，基拉埋葬昔日好友隐居地球圈，同时宇宙鲸鱼等未知生物改变世界格局，人类全体进化（类似爆种的能力），不再互相争斗。全剧终