在做托里拆利实验时，水银柱的高度指的是管内水银与管外水银之间的高度。这个高度可以反映出气压的大小，因为气压越大，水银柱就会上升，反之则下降。托里拆利实验是一种测量气压的方法，通过测量水银柱的高度来确定气压的大小。