《会飞的教室》中的主要人物包括：小学生小林、老师山田、神秘男子、小林的同学们等。小林是故事的主角，他在神秘男子的帮助下，学会了飞行的能力，成为了班级里的英雄。山田老师是一位温和善良的老师，对学生们非常关心和照顾。神秘男子则是故事的关键人物，他的身份和目的一直是故事的悬念之一。小林的同学们也各有特点，他们在故事中扮演了重要的角色。