转化法不适用于DNA序列上有复杂改变的基因，因为它是依靠正向和反向引物来从一个DNA片段转换出另一个。如果基因序列上存在复杂的突变，简单的正反引物将无法完成转化任务。另外，转化法也不能用来复制大型基因片段，因为无论多么完美，正反引物也无法复制超过5kb的DNA片段。