化学原子主要分为元素原子和化合物原子两种。元素原子是指由同种原子组成的单质，如氢原子、氧原子、铁原子等。化合物原子是指由不同种原子组成的化合物，如水分子中的氢原子和氧原子、二氧化碳分子中的碳原子和氧原子等。此外，还有同位素原子、离子原子等不同种类的化学原子。