自台湾大学系统“双一流”计划正式启动以来，台湾林业科技大学也开展了双一流专业建设工作，现有的双一流专业有：材料科学与工程、生命科学、环境保护工程、资源环境及土地科学、能源科学、环境照明、化学工程、食品科学与工程等8个。其中，材料科学与工程专业注重研究不同材料的特性，以及运用不同材料制作出的产品；生命科学专业致力于研究特定生物体内部的作用机制；环境保护工程专业旨在提高环境质量，降低污染；资源环境及土地科学专业研究环境资源调控机制；能源科学专业主要研究利用能源等诸多方面的科学问题；环境照明专业则着重研究照明领域对环境的影响；化学工程专业专注于研究化学工程设备和工艺的优化；食品科学与工程专业则重点研究如何制作高品质的食品等。